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Criblage chimique: évaluation de la sensibilité aux molécules

L’étude de la réponse cellulaire face à un composé chimique est cruciale au développement de nouvelles molécules thérapeutiques. Une telle analyse se fait généralement par expérience de criblage, où les cellules (spécifiques à une maladie, telle la leucémie) sont exposées aux composés chimiques d’intérêt pour différentes concentrations. La réponse ou la sensibilité de ces cellules est conventionnellement quantifiée par la valeur de l’IC50 ou de l’EC50. Voici quelques notions importantes à garder en tête lorsque nous analysons ces valeurs. IC50/EC50 [...]

By | 2017-02-13T11:16:14+00:00 13 février 2017|Categories: Analyse de données, Data Analysis|0 Commentaires

Bootstraps et intervalles de confiance

Lors de l'analyse des données, vous pourriez vouloir ajuster (fitter) un type de courbe spécifique à un ensemble de données particulier. Ce type d'analyse peut nous éclaircir sur la relation entre deux (ou plusieurs...) paramètres quantifiables. L'object principal de cet article n'est pas le comment de l'ajustement-même, mais plutôt l'évaluation de sa qualité i.e. comment calculer un intervalle de confiance autour d'une courbe ajustée. Cela étant dit, je vous montrerai comment faire un ajustement simple en utilisant différentes librairies R, mais je [...]

By | 2016-11-08T09:30:02+00:00 29 septembre 2016|Categories: Data Analysis, R, Visualisation de données|0 Commentaires

SciPy et les régressions logistiques

Il arrive souvent que l'on veuille voir s'il existe une une relation quelconque entre les points d'un jeu de données. Lorsqu'il est question de régressions linéaires, celles-ci peuvent être facilement visualisées avec Seaborn, une librairie Python visant l'exploration et la visualisation plutôt que l'analyse statistique. Quant aux régressions logistiques, SciPy est un bon outil à utiliser lorsque nous n'avons pas notre propre script d'analyse. Regardons le paquet optimisation 'optimize'                        from [...]

Mise en forme de fichiers de données pour Circos avec R

Lorsqu'il est question de générer une image Circos, la mise en forme des données est une des étapes les plus importantes. Voici quelques points clés pouvant vous aider à éviter le redoutable ***CIRCOS ERROR***. Tous les fichiers de données doivent être en format texte, c'est-à-dire avoir une extension .txt et utiliser une tabulation comme séparateur.  R s'avère très utile pour générer les fichiers dans le format requis.  Avec l'aide de R,  je peux générer un fichier myData.txt qui par la suite, sera incorporé dans [...]

By | 2016-11-08T09:30:09+00:00 31 octobre 2015|Categories: Circos, R, Visualisation de données|0 Commentaires

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]