Biologie

Introduction à cowplot, pour combiner plusieurs plots avec R

Bonjour à tous, aujourd'hui, nous allons voir une extension de la librairie ggplot2: cowplot Some helpful extensions and modifications to the 'ggplot2' package. In particular, this package makes it easy to combine multiple 'ggplot2' plots into one and label them with letters, e.g. A, B, C, etc., as is often required for scientific publications. Comme on peut le lire dans la description, cette librairie permet de créer des figures avec plusieurs graphiques (plots), mais pas uniquement. Il est aussi possible de [...]

By | 2016-11-28T11:42:03+00:00 28 novembre 2016|Categories: Bioinformatique, Biologie, Data Analysis, R, Représentation grahique|0 Commentaires

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]

Lecture de tableaux: charger des données dans R sans soucis

La première chose que j'ai appris à faire dans R est de charger un tableau de données. D'habitude, l'aventure R commence avec l'aide d'une personne plus expérimentée qui vous montre comment charger vos données dans le logiciel. Typiquement, la commande requise s'apparente à : data<-read.table("~/dossier/datafile.txt") Vous allez sûrement ajouter plusieurs autres paramètres aux parenthèses, tels que "row.names=0" ou "header=TRUE" ou, "sep="\t"", pour s'assurer que le fichier est lu correctement. Cette manière de fonctionner est parfaitement correcte pour de petits jeux de [...]

By | 2016-11-08T09:30:15+00:00 5 février 2015|Categories: Bioinformatique, Biologie, Non classifié(e), Performance, R|2 Comments

Trafiquer le test exact de Fisher pour les besoins du biologiste

Le test exact de Fisher est largement utilisé en bioinformatique. Il est d'ailleurs à la base d'un grand nombre d'outils recherchant des enrichissements pour des ensembles de gènes ou des voies biologiques. Je n'introduirai pas le test en tant que tel dans cet article car plusieurs l'ont déjà fait (commencez ici!). Je vais plutôt me concentrer sur l'incompatibilité qui existe parfois entre ce que calcule le test et ce qui est requis par les biologistes. Dans le test exact de [...]

By | 2014-12-08T15:49:54+00:00 8 décembre 2014|Categories: Bioinformatique, Biologie, Statistiques|Tags: |0 Commentaires

Les symboles de gènes, un défi

Un jour, c'est presque certain, vous aurez entre les mains une liste de noms de gènes désuets.  Vous vous direz sûrement que les mettre à jour est une tâche facile.  En apparences, peut-être! Parce qu'il y a le mot "bio" dans bioinformaticien,  je dirais que mettre à jour les symboles de gènes me rappelle le cycle futile.  Selon la définition de  Wikipedia (dont voici ma traduction libre), un cycle futile se produit quand deux voies métaboliques sont actives simultanément mais avec deux [...]

By | 2016-11-08T09:30:17+00:00 29 septembre 2014|Categories: Bioinformatique, Biologie|0 Commentaires