Python – Page 4 – IRIC's Bioinformatics Platform

Introduction à un outil d’analyse statique (linter) utile pour les débutants et améliorer ces compétences en programmation

- C'est quoi l'analyse statique ? L'analyse statique permet d'obtenir des informations sur le comportement de votre code lors de son exécution sans l'exécuter. Contrairement à l'analyse dynamique (comme le débogage) qui demande l’exécution du programme. - Ok, mais à quoi ça sert concrètement ? À gagner du temps, en supprimant les cycles de sauvegarde/exécution à cause d'erreurs syntaxiques (oublie d'un ";", variable ou fonction non déclarée, erreur de frappe,...). Corriger ces erreurs lors du débogage, vous demandera d'éditer, sauvegarder, [...]

By Éric|2021-09-23T15:44:56+00:008 mai 2015|Categories: Performance, Python, R|Tags: Dev, Linter|0 Commentaires

Gestion des versions du contenu d’une BD avec SQLAlchemy

Une des fonctionnalités phare requises d'un SGL est la sauvegarde de l'historique des changements appliqués aux données storées dans la base de données sous-jacente. Ceci peut représenter une fonctionnalité non triviale à implémenter et/ou déployer et il existe certainement plusieurs visions de la forme que cette implémentation devrait prendre. Heureusement pour tous les fans de SQLAlchemy, une solution prête à l'usage est suggérée sur la page des exemples de l'ORM (en anglais seulement). Bien que la page d'exemple suggère différents [...]

By Jean-Philippe|2017-04-29T17:27:37+00:005 octobre 2014|Categories: Database, Informatique, Python|Tags: développement web, MOR, SGL, SQLAlchemy|0 Commentaires

python et pandas

La réputation de R n'est plus à faire. C'est un language incontournable surtout pour la visualisation de données. Mais il lui arrive d'être un petit peu lent. Particulièrement lors du traitement de gros ensembles de données. Si vous n'avez pas besoin de générer de graphes sensationels ou que vous n'avez pas le temps d'attendre, il existe une alternative en python pour rapidement manipuler des données. Le module pandas (Python Data Analysis Library) offre un moyen d'aisément manipuler des données directement [...]

By Geneviève|2017-04-29T17:24:31+00:0017 avril 2014|Categories: Analyse de données, Python|Tags: Dataframe, Pandas|0 Commentaires

Qu’est-ce qui est le plus rapide?

Bien souvent, nous faisons les choses par habitude. Lorsque nous devenons confortables, nous avons tendance à rester dans notre zone de confort et à toujours faire les choses de la même façon. C'est exactement la même chose en programmation. Jusqu'au jour où le doute nous frappe. Est-ce qu'il y aurait un moyen plus rapide d'effectuer cette tâche? Lorsque ce jour viendra (si la dite tâche est en Python), le module timeit pourra vous aider! Bien sûr, il existe d'autres moyens [...]

By Geneviève|2017-05-01T10:27:06+00:002 avril 2014|Categories: Performance, Python|0 Commentaires

lifelines (ou comment faire des analyses de survie en Python)

Depuis quelques semaines, je fais beaucoup d’analyse de survie. Je ne suis pas une experte dans ce domaine. J’ai appris la base en participant à un groupe d’étude organisé à l’interne. À chaque rencontre, nous approfondissions la matière du livre "Survival Analysis. A Self-Learning Text" de David G. Kleinbaum et Mitchel Klein. À la fin du livre, il y a du code pour aider les débutants à faire leurs premières analyses en SAS, Stata, SPSS et … R! J’ai donc [...]

By Geneviève|2017-04-29T17:19:24+00:0024 mars 2014|Categories: Analyse de données, Python, Statistiques|Tags: Analyse de survie|0 Commentaires