R

Langage de programmation R

R ou Python, à vous de choisir!

J'ai déjà introduit la librairie Python pandas en comparant certaines de ses fonctions à leurs fonctions équivalentes en R. Pandas est une librairie qui rend Python beaucoup plus facile à utiliser pour faire de l'exploration et de la visualisation de données (presque autant que R). La librairie permet de manipuler des dataframes très facilement (elle est construite par-dessus numpy). Elle a beaucoup évolué ces dernières années et la communauté d'utilisateurs a aussi beaucoup grossie. R offre certainement plus de modules [...]

By | 2017-06-26T13:10:54+00:00 26 juin 2017|Categories: Analyse de données, Python, R|Tags: , |0 Commentaires

ggplot2 101 :Visualisation simple pour une analyse simple

Il est souvent plus facile d'interpréter des données biologiques lorsqu'il est possible de les visualiser à l'aide d'une représentation graphique. Cela peut être fait via l'exploitation de différentes options de ggplot2, un progiciel pour la représentation graphique en R. Dans le billet qui suit, je vous présenterai quelques-unes de mes astuces favorites pour la visualisation de données: rien de trop poussé ou complexe, parfait pour les utilisateurs avancés de R, tout comme les utilisateurs un peu plus débutants! Les extraits de [...]

By | 2017-06-02T14:45:28+00:00 19 mai 2017|Categories: Analyse de données, R, Visualisation de données|1 commentaire

Créer un beau tableau graphique avec R

Bonjour à tous, Aujourd'hui, je vais vous parler de formattable. This package is designed for applying formatting on vectors and data frames to make data presentation easier, richer, more flexible and hopefully convey more information. Nous allons voir comment utiliser cette librairie pour interpréter nos données en un coup d'oeil, à l'aide de quelques lignes de code (vous pouvez suivre les indications ci-dessous ou aller regarder tout le code disponible sur git). Avant d'aller plus loin, j'aimerais préciser que cette [...]

By | 2017-09-12T11:40:54+00:00 30 mars 2017|Categories: R, Visualisation de données|Tags: , |0 Commentaires

Introduction à cowplot, pour combiner plusieurs plots avec R

Bonjour à tous, aujourd'hui, nous allons voir une extension de la librairie ggplot2: cowplot Some helpful extensions and modifications to the 'ggplot2' package. In particular, this package makes it easy to combine multiple 'ggplot2' plots into one and label them with letters, e.g. A, B, C, etc., as is often required for scientific publications. Comme on peut le lire dans la description, cette librairie permet de créer des figures avec plusieurs graphiques (plots), mais pas uniquement. Il est aussi possible de [...]

By | 2017-04-29T16:31:26+00:00 28 novembre 2016|Categories: R, Visualisation de données|0 Commentaires

Pivoter des tables: du format long à large

En tant que bio-informaticiens, nous avons souvent à manipuler des données qui ne sont pas organisées comme nous le voudrions. Un cas souvent rencontré est l'obtention de données qui se trouvent dans un format "long" au lieu de les avoir dans le format plus habituel, "large". Pour ceux qui sont familiers avec la librairie ggplot du langage R, vous connaissez très bien le format "long". C'est le format requis par ggplot pour lui permettre de produire ses élégants graphiques. En [...]

By | 2017-04-29T18:22:08+00:00 14 novembre 2016|Categories: Analyse de données, Python, R|Tags: |0 Commentaires