Non classifié(e)

Réalise ton potentiel Bash

Le meilleur outil du bioinformaticien est sans doute son interpréteur. Bien que plusieurs l'aient déjà dompté, il arrive souvent à certains débutants de se retrouver à répéter péniblement certaines séquences lorsqu'il existe une solution plus rapide (il m'arrive encore de me retrouver dans la même situation!). Jetons un coup d'oeil aux commandes et raccourcis de l'interpréteur de commandes Bash les plus utilisées. Cette liste ne tente aucunement d'énumérer toutes les fonctionalités de Bash mais plutôt de regrouper certains raccourcis clef qui pourront possiblement économiser un [...]

By | 26 mai 2016|Categories: Non classifié(e), Scripts|0 Commentaires

Lecture de tableaux: charger des données dans R sans soucis

La première chose que j'ai appris à faire dans R est de charger un tableau de données. D'habitude, l'aventure R commence avec l'aide d'une personne plus expérimentée qui vous montre comment charger vos données dans le logiciel. Typiquement, la commande requise s'apparente à : data<-read.table("~/dossier/datafile.txt") Vous allez sûrement ajouter plusieurs autres paramètres aux parenthèses, tels que "row.names=0" ou "header=TRUE" ou, "sep="\t"", pour s'assurer que le fichier est lu correctement. Cette manière de fonctionner est parfaitement correcte pour de petits jeux de [...]

By | 5 février 2015|Categories: Bioinformatique, Biologie, Non classifié(e), Performance, R|2 Comments

Enrichissements et test exact de Fisher

En travaillant sur un ensemble de données AML (leucémie aiguë myéloïde), je suis tombé sur un gène X. Lorsque son expression est haute, une mutation dans le gène Y est présente dans 50% des échantillons (cette mutation n'étant présente que dans 20% de l'ensemble de données). Y aurait-il un lien entre ces deux observations? Et si on y mettait des chiffres: des 131 échantillons de l'ensemble de données, 28 ont une mutation dans le gène Y, 6 expriment hautement le [...]

By | 12 septembre 2014|Categories: Non classifié(e), Statistiques|0 Commentaires

Bienvenue!

Bienvenue sur notre blogue!  Nous avons très hâte de partager notre savoir, nos expériences, nos idées avec l’ensemble de la communauté web!  Mais d’abord, soyons formel.   Une présentation s’impose.  Nous sommes les bio-informaticiens de la plateforme de bio-informatique de l’IRIC.  Que faisons-nous?  Et bien, nous travaillons sur un ensemble très variés de projets.  En fait, la plateforme offre des services de développement algorithmiques et d’analyses personnalisés de données.  Elle subvient aux besoins de l’ensemble des laboratoires de l’institut en ce [...]

By | 1 mars 2014|Categories: Non classifié(e)|0 Commentaires