Représentation grahique

Introduction à cowplot, pour combiner plusieurs plots avec R

Bonjour à tous, aujourd'hui, nous allons voir une extension de la librairie ggplot2: cowplot Some helpful extensions and modifications to the 'ggplot2' package. In particular, this package makes it easy to combine multiple 'ggplot2' plots into one and label them with letters, e.g. A, B, C, etc., as is often required for scientific publications. Comme on peut le lire dans la description, cette librairie permet de créer des figures avec plusieurs graphiques (plots), mais pas uniquement. Il est aussi possible de [...]

By | 28 novembre 2016|Categories: Bioinformatique, Biologie, Data Analysis, R, Représentation grahique|0 Commentaires

Écart-type sur un graphe de corrélation

Un collègue m'a récemment demandé de produire une visualisation montrant l'expression différentielle des gènes entre deux échantillons (sans réplicats). En utilisant les données de RPKM, il voulait faire ressortir tous les gènes se trouvant aux extrémités de la distribution i.e. à 2 écart-types de la moyenne ou plus. Comme premier essai, j'ai calculé la distribution de fold change et l'écart-type et j'ai tracé les droites correspondantes de chaque côté de la diagonale sur un graphe en nuage de points présentant [...]

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]

Identifier un point avec ggplot2

Comme nous tous, vous vous êtes laissé séduire par ggplot2. L'élégance des graphes, la facilité de grouper les données... Vous avez décidé de convertir tous vos graphes en graphes ggplot2 pour ensuite vous rendre compte, après tout vos efforts, que vous étiez incapable d'identifier un point d'intérêt facilement. En effet, la fonction identify (qui permet de cliquer sur un point d'un graphique pour récupérer ses coordonnées) ne fonctionne plus! Comment étiquetter facilement le point outlier alors? Heureusement, il y a [...]

By | 5 mars 2015|Categories: Bioinformatique, R, Représentation grahique|0 Commentaires

Visualisation de données : quelques bonnes pratiques

Le dernier article de Sébastien présentait un cas de graphique particulièrement difficile à lire. En effet, un diagramme de Venn à quatre ensembles représente un bon exemple d'une représentation graphique qui a un peu mal tourné. Les bonnes pratiques en visualisation de données constituent un sujet très à la mode par les temps qui courent. Et pas seulement en sciences. Cela intéresse autant les journalistes que les analystes en intelligence d'affaires. La foule était d'ailleurs assez hétéroclite lors de la [...]

By | 31 octobre 2014|Categories: Représentation grahique, Visualisation de données|0 Commentaires