RStudio

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Comme pour l’apprentissage de n’importe quel language (et langue), il peut être ardu de s’y mettre.  Il y a 10 ans, j’ai appris R à la console.  Aujourd’hui,  RStudio est là pour nous faciliter la vie.  C’est dans cet IDE que je code mon R.

Cet environnement de développement construit spécialement pour R me permet en un coup d’oeil de voir mon script, la console et les graphes que je génère (la configuration des différents panneaux peut être personnalisée).   La fenêtre de script envoie directement le code à la console en un click de souris ou un control-Enter.  Plus besoin de copier-coller!  L’aide intégrée et l’auto-complétion facilitent l’apprentissage et dépannent en cas de trous de mémoire. Un certain nombre de librairies ont été intégrées à l’IDE pour ajouter plus de fonctionalités. Par exemple, la librarie manipulate permet d’interagir avec les graphes que l’on produit.  Quant à la librarie knitr, elle permet de facilement documenter et partager ses analyses. Un petit clique sur le bouton ressemblant à un cahier en haut à droite dans le panneau de script et le tour est joué.

La nouvelle version (0.98) permet aussi de produire des présentations html évitant d’avoir à copier-coller le résultat de la ligne de commande.    Voici une présentation que j’ai faite dans RStudio pour une formation d’introduction à R.

http://bioinfo.iric.ca/~boucherg/workshop_R/presentation.html#/

La présentation peut s’afficher dans un navigateur comme Google-chrome ou Firefox ou directement dans RStudio.  Un autre ajout concerne l’affichage de fichiers html locaux directement dans la fenêtre Viewer.  Utile quand on travaille avec des librairies comme googleVis ou rCharts.   Au niveau de l’écriture de scripts, des outils de débuggage ont aussi été ajoutés et l’intégration du package Rcpp permet dorénavant de travailler facilement en C++ , language sous-jacent à R.

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Les puristes diront que les vrais programmeurs R codent à la console.  Je crois plutôt que lorsqu’on a de bons outils à notre disposition, il faut en profiter!

Mise-à-jour : En parlant de la fenêtre Viewer, ça vaut la peine de jeter un oeil à la librarie ggvis qui permet la génération de graphes interactifs. Cette librairie (de l’auteur de ggplot2, Hadley Wickham) peut facilement être utilisée dans RStudio, mais aussi dans toutes applications web shiny.

By | 2016-11-08T09:30:19+00:00 10 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires

About the Author:

Mon parcours a débuté en biochimie, mais c ’est en bioinformatique que je m ’amuse depuis plusieurs années : que ce soit en analysant et visualisant des données en R, en construisant des outils web interactifs en javascript ou en explorant des algorithmes d ’apprentissage automatique en python.

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