multiprocessing – IRIC's Bioinformatics Platform

Traitement parallèle facile avec R

Poursuivant sur ma lancée d'exploration de code à haute performance, regardons aujourd'hui comment ajouter du traitement parallèle dans vos scripts R. Bien que plusieurs options existent pour paralléliser le traitement de vos données, concentrons nous sur quelque chose de très facile à mettre en place pour commencer. Il y a quelques temps, j'ai eu à écrire un script ayant pour but de rouler un grand nombre de regressions logistiques (à l'aide du package glm) dans un effort de modélisation de [...]

Faites travailler vos CPUs !

Si vous êtes comme moi, vous avez sûrement réalisé que, par défaut, les scripts python que l'on écrit n'utilisent qu'une portion de la puissance computationnelle à notre disposition.. Vous vous êtes sûrement dit: J'ai pourtant payé une somme rondelette pour un CPU à 4 coeurs ! Mais qu'est-ce qui se passe ? Bien que la plupart des CPUs modernes comportent plusieurs coeurs, le code que l'on écrit doit aussi être formatté adéquatement afin d'en tirer pleinement avantage. Alors explorons ensemble [...]