{"id":1444,"date":"2015-08-20T12:11:38","date_gmt":"2015-08-20T16:11:38","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/?p=1444"},"modified":"2017-04-30T22:04:09","modified_gmt":"2017-05-01T02:04:09","slug":"dessine-moi-un-circos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/dessine-moi-un-circos\/","title":{"rendered":"Dessine-moi un Circos"},"content":{"rendered":"

Comme ce serait joli dans ma publication!<\/span><\/em>
\nEffectivement! Et tr\u00e8s informatif aussi!<\/span><\/em><\/p>\n

Une image Circos peut \u00eatre utilis\u00e9e autant pour de l\u2019analyse de donn\u00e9es exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de repr\u00e9sentation est tr\u00e8s utile pour visualiser un ensemble de donn\u00e9es g\u00e9nomiques plusieurs chromosomes \u00e0 la fois. <\/span><\/p>\n

Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu\u2019est l\u2019id\u00e9e du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d\u2019une telle image ne se fait pas sans embrouille! Pour ceux dont le meilleur ami n\u2019est pas un ordinateur, le fait de devoir g\u00e9n\u00e9rer sa requ\u00eate (fichiers de configuration) pour ensuite l\u2019\u00e9xecuter dans une console peut rendre la t\u00e2che difficile et parfois, avouons-le, d\u00e9courageante.<\/span><\/p>\n

Voici donc quelques trucs, tir\u00e9s de ma propre exp\u00e9rience avec le logiciel, qui pourront all\u00e9ger la t\u00e2che et ainsi vous permettre de r\u00e9aliser votre r\u00eave Circos!<\/span><\/p>\n

Organisez vos fichiers logiquement et n\u2019ayez pas peur d\u2019utiliser des \u00a0<< include >><\/span><\/b>
\nN\u2019essayez pas de tout mettre dans un m\u00eame fichier! Selon mon exp\u00e9rience, cela n\u2019est qu\u2019une fa\u00e7on facile de se perdre dans toutes ces lignes de codes. Il est plut\u00f4t recommand\u00e9 de diviser vos fichiers par blocs (blocks<\/span>) ou par param\u00e8tres. Par exemple, vous pourriez avoir un fichier plots.conf<\/span> contenant tout ce qui est relatif aux pistes \u00a0(tracks<\/span>).<\/span><\/p>\n

\"Organisation<\/a><\/div>\n

Faites un fichier dit \u00ab\u00a0d\u00e9faut\u00a0\u00bb (circos.conf<\/span>) dans lequel seront d\u00e9clar\u00e9s le karyotype, les chromosomes et le nom de l\u2019image et o\u00f9 vous incluerez vos autres fichiers avec un << include >><\/span>.<\/span>
\nDans le cas des r\u00e8gles (rules<\/span>), il est recommand\u00e9 de leur cr\u00e9\u00e9er un fichier sp\u00e9cifique seulement lorsqu\u2019il y a r\u00e9p\u00e9tition. Par exemple, si j\u2019\u00e9cris une r\u00e8gle propre \u00e0 une seule piste, il n\u2019est pas n\u00e9cessaire d\u2019en faire un fichier. \u00a0Par contre, si cette r\u00e8gle s\u2019applique \u00e0 plusieurs tracks<\/em>, il est pr\u00e9f\u00e9rable de cr\u00e9er un fichier rule.conf<\/span> et d’utiliser << include rule.conf>><\/span> au lieu d\u2019\u00e9crire la m\u00eame r\u00e8gle \u00e0 plusieurs reprises.<\/span><\/p>\n

N\u2019essayez pas d\u2019obtenir le Circos parfait d\u00e8s votre premier essai<\/b>
\nLe premier Circos devrait toujours \u00eatre simple et minimaliste pour vous donner une id\u00e9e globale de ce que vos donn\u00e9es repr\u00e9sentent. Une fois que vous savez dans quelles directions vont vos donn\u00e9es, personnalisez alors votre image avec de la couleur, des \u00e9tiquettes, l’accentuation de certaines valeurs, etc.<\/span><\/p>\n

Faites usage de r\u00e8gles lors de l’analyse<\/b>
\nLes r\u00e8gles (<rules><\/span>) peuvent \u00eatre appliqu\u00e9es aux pistes\u00a0ou aux liens (<plot><\/span>, <link><\/span>). Elles sont utiles lorsque vous voulez apporter des modifications \u00e0 certaines valeurs seulement, et non \u00e0 toute la piste\u00a0ou \u00e0 tous les liens. Supposons que vous voulez illustrer par des liens les s\u00e9quences similaires entre chromosomes. Au premier coup d\u2019oeil, il vous serait peut \u00eatre difficile de tirer une conclusion autre que : il y a en effet des ressemblances.\u00a0Votre analyse pourrait \u00eatre approfondie, par exemple, en regardant seulement les ressemblances avec des s\u00e9quences du chromosome 1:<\/span><\/p>\n

<links>\r\n  <link>\r\n    file = segdup.txt\r\n    radius = 0.999r\r\n    bezier_radius = 0.2r\r\n    color = grey_a4\r\n    thickness = 1.5\r\n    <rules>\r\n      <rule>\r\n        condition = var(chr1) eq \"chr1\"  #lien commen\u00e7ant au chr1\r\n        color = dred_a4\r\n        thickness = 5\r\n      <\/rule>\r\n      <rule>\r\n        condition = var(chr2) eq \"chr1\"  #lien se terminant au chr1\r\n        color = dred_a4\r\n        thickness = 5\r\n      <\/rule>\r\n    <\/rules>\r\n  <\/link>\r\n<\/links><\/pre>\n
 <\/p>\n
\"circos\"<\/a>
S\u00e9quences similaires entre les chromosomes 1, 2, 3, 4<\/p><\/div>\n
 <\/p>\n
\"circos_chr1\"<\/a>
S\u00e9quences similaires entre les chromsomes 1 et 2, 3, 4<\/p><\/div>\n
Faites bon usage de l\u2019espace disponible<\/b>
\nLes param\u00e8tres les plus complexes \u00e0 d\u00e9finir sont les rayons des pistes i.e. r0<\/span> et r1<\/span>. Gardez en t\u00eate que vous n\u2019avez pas \u00e0 tout d\u00e9finir parfaitement d\u00e8s la premi\u00e8re image. Je vous recommande donc de definir une largeur de track commune (toutes vos pistes auront pour commencer la m\u00eame largeur) selon cette simple \u00e9quation:<\/span><\/p>\n
$w = \\dfrac{e-s-(n*p)}{n}$<\/center><\/p>\n
O\u00f9 n<\/span><\/i><\/span> est le nombre de pistes, <\/span>p<\/span><\/i><\/span> le rembourrage (padding<\/span>) entre chaque piste, <\/span>s<\/span><\/i><\/span> le rayon central minimal, <\/span>e<\/span><\/i><\/span> le rayon ext\u00e9rieur maximal, et <\/span>w<\/span><\/i><\/span> la largeur.<\/span>
\n<\/span>Ne surchargez pas votre image avec un trop grand nombre de pistes. Essayez aussi de laisser de l\u2019espace au centre du Circos puisqu\u2019il est plus difficile de lire et comprendre les pistes se rapprochant du point central. Regardons un exemple:<\/span><\/p>\n
$n = 3$ \u00a0 \u00a0 $p = 0.05r$ \u00a0 \u00a0 $s = 0.2r$ \u00a0 \u00a0 $e = 0.999r$<\/p>\n
$w = \\dfrac{0.999r-0.2r-(3*0.05r)}{3} = \\dfrac{0.649r}{3} = 0.2163r$<\/p>\n
track 1:<\/span><\/p>\n
r1<\/span> = 0.999r<\/span><\/i> 
\nr0<\/span> = 0.7827r (0.999r – 0.2163r)<\/span><\/i><\/p>\n
track 2:<\/span><\/p>\n
r1<\/span> = 0.7327r (0.7827r – 0.05r) \u00a0 \u00a0 \u00a0<\/span><\/i> 
\nr0<\/span>=0.5164r (0.7327r – 0.2163r)<\/span><\/i><\/p>\n
track 3: \u00a0<\/span><\/p>\n

\nr1<\/span> = 0.4664r (0.5164r – 0.05r) \u00a0 \u00a0 \u00a0\u00a0<\/span><\/i>
\nr0<\/span> = 0.2501r (0.4664r – 0.2163r)<\/span><\/i><\/p>\n
\"radius\"<\/a><\/p>\n
Une fois le Circos initial g\u00e9n\u00e9r\u00e9, vous pouvez modifier les valeurs des rayons comme bon vous semble! Par exemple, une piste de carreaux (tiles<\/span>) n\u2019a pas besoin d\u2019autant d\u2019espace qu’une piste d\u2019histogramme.<\/span><\/p>\n
 <\/p>\n
\"Common<\/a>
Circos avec 3 pistes (histogramme, tiles<\/em>, nuage de points) de largeur w<\/p><\/div>\n
 <\/p>\n
\"circos_radius_2\"<\/a>
Circos avec 3 pistes (histogrammes, tiles<\/em>, nuage de points) de largeurs w1, w2 et w3<\/p><\/div>\n
Pour plus d’informations, r\u00e9f\u00e9rez-vous au site de\u00a0Circos<\/a>\u00a0et \u00e0 leur onglet\u00a0tutoriel<\/a>.
\nVous pouvez aussi utilisez notre interface super conviviale,\u00a0Circos user-friendly-interface<\/a>!<\/p>\n
 <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et tr\u00e8s informatif aussi! Une image Circos peut \u00eatre utilis\u00e9e autant pour de l\u2019analyse de donn\u00e9es exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de repr\u00e9sentation est tr\u00e8s utile pour visualiser un ensemble de donn\u00e9es g\u00e9nomiques plusieurs chromosomes \u00e0 la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu\u2019est l\u2019id\u00e9e du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d\u2019une telle image ne se fait  […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":11,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[44],"tags":[136,116,137],"class_list":["post-1444","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-visualisation-de-donnees","tag-biologie","tag-circos","tag-genomique"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1444","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/11"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1444"}],"version-history":[{"count":24,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1444\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3319,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1444\/revisions\/3319"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1444"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1444"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1444"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}