{"id":1735,"date":"2015-11-27T16:48:38","date_gmt":"2015-11-27T21:48:38","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/?p=1735"},"modified":"2017-04-29T17:09:17","modified_gmt":"2017-04-29T21:09:17","slug":"arguments-de-grep-que-tout-bioinformaticien-devrait-connaitre","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/arguments-de-grep-que-tout-bioinformaticien-devrait-connaitre\/","title":{"rendered":"Arguments de \u00ab\u00a0grep\u00a0\u00bb que tout bioinformaticien devrait connaitre"},"content":{"rendered":"

Le shell, ainsi que la myriade d’outils en ligne de commande qu’il nous offre est un grand ami lorsque vient le temps de manipuler des fichiers de donn\u00e9es. Et soyons francs, manipuler des fichiers, c’est une bonne partie du travail d’un bioinformaticien. Cependant, puisque nous avons rarement le temps de survoler l’ensemble des arguments offerts par les diff\u00e9rents programmes d’Unix, je me suis dit que je vous pr\u00e9senterais mes pr\u00e9f\u00e9r\u00e9s de l’utilitaire grep<\/strong><\/a>. <\/p>\n

Je prends pour acquis que tout le monde connais grep<\/strong> et sa raison d’\u00eatre alors allons directement aux arguments \ud83d\ude42<\/p>\n

-i, –ignore-case<\/h3>\n

En voici un assez facile \u00e0 comprendre et il appert utile lorsque vous ne connaissez pas la structure de casse utilis\u00e9e au sein du fichier que vous voulez fouiller.
\nExemple d’utilisation:<\/strong> <\/p>\n

# Recherche d'entr\u00e9es au sein de fichiers d'annotation de souris et d'humain \r\n# \u00e0 l'aide de Gene Symbols<\/em> (ie: HOXB4 vs Hoxb4). \r\n\r\n> grep -i 'hoxb4' annotations_humaines_ou_murines.txt\r\n<\/code><\/pre>\n
-w, –word-regexp<\/h3>\n
S\u00e9lection de lignes pour lesquelles notre patron de recherche repr\u00e9sente un mot complet.
\nCelui-ci peut vraiment s’av\u00e9rer pratique. Par exemple: utiliser grep pour chercher la chaine ‘chr1’ dans un fichier gtf en oubliant de sp\u00e9cifier l’argument -w vous laissera d’humeur massacrante lorsque vous r\u00e9aliserez que vous avez aussi s\u00e9lectionn\u00e9 les lignes associ\u00e9es aux chr10, 11, 12, 13, etc..  Mais maintenant, vous \u00eates plus fut\u00e9s !
\nExemple d’utilisation:<\/strong> <\/p>\n
# Extraire les entr\u00e9es associ\u00e9es au chromosome 1 d'un fichier gtf. \r\n\r\n> grep -w 'chr1' genes.gtf\r\n<\/code><\/pre>\n
-f FILE, –file=FILE<\/h3>\n
Vous voulez fouiller pour la pr\u00e9sence de plusieurs patrons d’un seul coup ?
\nD\u00e9posez les tous dans un fichier texte, \u00e0 raison d’un patron par ligne, et recherchez-les tous \u00e0 l’aide d’une seule commande !
\nExemple d’utilisation:<\/strong><\/p>\n
#  Extraire les MAFs pour un ensemble de quelques centaines de SNPs \u00e0 l'aide de leurs rsIDs.\r\n\r\n> grep -w -F fichier_de_patrons.txt ESP.vcf\r\n\r\n# Redirigez la sortie vers un petit script awk<\/strong>, \r\n# et boum ! La mission est un succ\u00e8s. :)\r\n<\/code><\/pre>\n
-v, –invert-match<\/h3>\n
Celui-ci force grep \u00e0 retourner les lignes qui ne contiennent PAS<\/strong> votre patron de recherche.
\nExemple d’utilisation:<\/strong> <\/p>\n
# G\u00e9n\u00e9rer une version \"femelle\" d'un gtf. (pourquoi pas..)\r\n\r\n> grep -v 'chrY' unisex.gtf\r\n\r\n# affaire r\u00e9gl\u00e9e !\r\n<\/code><\/pre>\n
Et pour terminer:<\/p>\n
-B NUM, –before-context NUM
\n-A NUM, –after-context NUM<\/h3>\n
Ces arguments demandent \u00e0 grep d’imprimer les N (NUM) lignes AVANT (B<\/u>efore) ou A<\/u>pr\u00e8s le hit du patron de recherche.
\nExemple d’utilisation:<\/strong> <\/p>\n
# Extraire les reads d'un fichier fastq qui contiennent une chaine de nucl\u00e9otides donn\u00e9e. \r\n\r\n> grep -B 1 -A 2 -i 'ccggaacgcagcgaagtggaacgcgcgaactgcgaa' reads.fastq\r\n\r\n# (Bon d'accord, faudra r\u00e9p\u00e9ter pour la s\u00e9quence reverse-compl\u00e9ment\u00e9e...)\r\n<\/code><\/pre>\n
Bien sur, sentez-vous bien \u00e0 l’aise de m\u00e9langer l’usage de ces arguments pour obtenir l’effet d\u00e9sir\u00e9…
\nEt n’oubliez pas que vous pouvez rediriger la sortie d’un grep… Vers grep !<\/p>\n
Voici voil\u00e0.. Mes arguments grep pr\u00e9f\u00e9r\u00e9s.
\nEt si j’ai omis vos<\/strong> arguments pr\u00e9f\u00e9r\u00e9s, laissez-le moi savoir dans les commentaires !<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Le shell, ainsi que la myriade d’outils en ligne de commande qu’il nous offre est un grand ami lorsque vient le temps de manipuler des fichiers de donn\u00e9es. Et soyons francs, manipuler des fichiers, c’est une bonne partie du travail d’un bioinformaticien. Cependant, puisque nous avons rarement le temps de survoler l’ensemble des arguments offerts par les diff\u00e9rents programmes d’Unix, je me suis dit que je vous pr\u00e9senterais mes pr\u00e9f\u00e9r\u00e9s de l’utilitaire grep. Je prends pour acquis que tout le  […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[69,70],"tags":[79,80],"class_list":["post-1735","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-analyse-de-donnees","category-scripts","tag-bash","tag-unix"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1735","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1735"}],"version-history":[{"count":13,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1735\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1900,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1735\/revisions\/1900"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1735"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1735"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1735"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}