{"id":1740,"date":"2015-12-07T10:56:01","date_gmt":"2015-12-07T15:56:01","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/?p=1740"},"modified":"2017-04-29T17:08:27","modified_gmt":"2017-04-29T21:08:27","slug":"facteurs-a-considerer-pour-linterpretation-de-vos-donnees-de-proteomique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/facteurs-a-considerer-pour-linterpretation-de-vos-donnees-de-proteomique\/","title":{"rendered":"Facteurs \u00e0 consid\u00e9rer pour l\u2019interpr\u00e9tation de vos donn\u00e9es de prot\u00e9omique"},"content":{"rendered":"<div>** Collaboration sp\u00e9ciale de la part de la plateforme de prot\u00e9omique **<\/div>\n<p>Suite \u00e0 l&rsquo;analyse de votre \u00e9chantillon par spectrom\u00e9trie de masse, vous recevez g\u00e9n\u00e9ralement vos r\u00e9sultats sous forme d\u2019une liste de prot\u00e9ines. Lors du traitement des donn\u00e9es, certains facteurs influencent quelles prot\u00e9ines se retrouveront dans la liste finale.<\/p>\n<div class=\"fusion-fullwidth fullwidth-box fusion-builder-row-1 hundred-percent-fullwidth non-hundred-percent-height-scrolling\" style=\"--awb-border-radius-top-left:0px;--awb-border-radius-top-right:0px;--awb-border-radius-bottom-right:0px;--awb-border-radius-bottom-left:0px;--awb-overflow:visible;--awb-flex-wrap:wrap;\" ><div class=\"fusion-builder-row fusion-row\"><div class=\"fusion-layout-column fusion_builder_column fusion-builder-column-0 fusion_builder_column_1_1 1_1 fusion-one-full fusion-column-first fusion-column-last fusion-column-no-min-height\" style=\"--awb-bg-size:cover;--awb-margin-bottom:0px;\"><div class=\"fusion-column-wrapper fusion-flex-column-wrapper-legacy\"><div id=\"attachment_1756\" style=\"width: 216px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/c2cs15331a-f1-1.png\"><img decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-1756\" class=\"wp-image-1756 size-medium\" src=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/c2cs15331a-f1-1-206x300.png\" alt=\"Fig. 1 Overview of bottom-up proteomics. Figure modified from http:\/\/pubs.rsc.org\/en\/content\/articlehtml\/2012\/cs\/c2cs15331a\" width=\"206\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/c2cs15331a-f1-1-206x300.png 206w, https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/c2cs15331a-f1-1.png 379w\" sizes=\"(max-width: 206px) 100vw, 206px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-1756\" class=\"wp-caption-text\"><br \/><strong>Fig. 1<\/strong> Approche ascendante. Figure modifi\u00e9e provenant de <a href=\"http:\/\/pubs.rsc.org\/en\/content\/articlehtml\/2012\/cs\/c2cs15331a\"> Angel et al. (2011) <\/a><\/p><\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Commen\u00e7ons d\u2019abord par expliquer bri\u00e8vement comment cette liste de prot\u00e9ines est obtenue. L\u2019approche de prot\u00e9omique ascendante est celle qui est couramment utilis\u00e9e (voir Figure 1). Dans cette approche, l\u2019extrait prot\u00e9ique est d\u2019abord dig\u00e9r\u00e9 avec une prot\u00e9ase (g\u00e9n\u00e9ralement la trypsine) afin de cr\u00e9er un m\u00e9lange de peptides qui sera inject\u00e9 sur le syst\u00e8me de chromatographie liquide coupl\u00e9 au spectrom\u00e8tre de masse.<\/p>\n<p>L\u2019instrument fera ensuite l\u2019acquisition de quelques milliers de spectres de masse de fragmentation. Ces spectres seront d\u2019abord utilis\u00e9s pour identifier des peptides. Ces peptides seront \u00e0 leur tour utilis\u00e9s pour d\u00e9duire la liste des prot\u00e9ines.<\/p>\n<p>Une approche efficace pour associer une s\u00e9quence peptidique \u00e0 un spectre de masse est d\u2019utiliser un logiciel qui fait la recherche des masses observ\u00e9es dans une base de donn\u00e9es de s\u00e9quences de prot\u00e9ines. Le choix de cette base de donn\u00e9es est donc crucial pour identifier les prot\u00e9ines contenues dans l\u2019\u00e9chantillon. Si une prot\u00e9ine est absente de la base de donn\u00e9es, elle ne peut \u00e9videmment pas \u00eatre identifi\u00e9e! Voici quelques conseils pour bien choisir la base de donn\u00e9es.<\/p>\n<ul>\n<li>Le premier crit\u00e8re pour s\u00e9lectionner la base de donn\u00e9es est de choisir d\u2019abord l\u2019organisme correspondant \u00e0 l\u2019\u00e9chantillon.<\/li>\n<li>Ensuite, il faut consid\u00e9rer s\u2019il est n\u00e9cessaire que cette derni\u00e8re contienne les s\u00e9quences des isoformes, prot\u00e9ines hypoth\u00e9tiques, mutations ou encore la s\u00e9quence d\u2019une prot\u00e9ine synth\u00e9tique.<\/li>\n<li>Un dernier point \u00e0 consid\u00e9rer est que les identifiants des s\u00e9quences permettent la r\u00e9cup\u00e9ration d\u2019annotation de diverses bases de donn\u00e9es. Ceci est un point important pour les analyses bio-informatiques subs\u00e9quentes.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Une fois la recherche compl\u00e9t\u00e9e avec la base de donn\u00e9es s\u00e9lectionn\u00e9e, l\u2019outil de recherche retourne une liste de peptides. Pour chaque paire spectre-peptide, un pointage indique si le patron de fragmentation contenu dans le spectre correspond bien \u00e0 la s\u00e9quence du peptide. L\u2019utilisation combin\u00e9e d\u2019une base de donn\u00e9es leurres lors de la recherche permet d\u2019estimer le taux de faux positifs pour un certain seuil du pointage peptidique. La taille finale de notre liste de prot\u00e9ines identifi\u00e9es est donc d\u00e9pendante de notre tol\u00e9rance pour les faux positifs.<\/p>\n<p>Une fois que le logiciel a g\u00e9n\u00e9r\u00e9 une liste de peptides avec l\u2019ensemble de spectres, il faut finalement inf\u00e9rer la liste des prot\u00e9ines. Pour illustrer ce probl\u00e8me, imaginez que l&rsquo;on tente de compl\u00e9ter simultan\u00e9ment plusieurs casse-t\u00eates dont il nous manque des pi\u00e8ces et dont certaines sont identiques entre les casse-t\u00eates. Selon les \u00e9vidences peptidiques, il est soit possible de confirmer la pr\u00e9sence d\u2019une prot\u00e9ine (peptides uniques) ou la pr\u00e9sence d\u2019un groupe de prot\u00e9ines (peptides communs).<\/p>\n<p>Le principe du rasoir d\u2019Ockham ou principe de parcimonie est employ\u00e9 pour construire une liste minimale de prot\u00e9ines. Selon ce principe, l\u2019algorithme assigne it\u00e9rativement le plus gros sous-ensemble de peptides restant \u00e0 une prot\u00e9ine. Un probl\u00e8me relatif \u00e0 cette approche est qu\u2019il arrive fr\u00e9quemment qu\u2019il s\u00e9lectionne des prot\u00e9ines hypoth\u00e9tiques ou pauvres en annotations (le choix de votre base de donn\u00e9es peut mitiger ce probl\u00e8me). Bien souvent aussi, notre prot\u00e9ine d\u2019int\u00e9r\u00eat ne se retrouve pas dans la liste g\u00e9n\u00e9r\u00e9e par le principe d\u2019Ockham malgr\u00e9 que plusieurs peptides communs soient identifi\u00e9s. Dans ce cas, il est n\u00e9cessaire de v\u00e9rifier si elle est pr\u00e9sente dans la liste compl\u00e8te des prot\u00e9ines possibles.<\/p>\n<p>Pour ajuster le niveau de confiance des prot\u00e9ines contenues dans la liste finale, deux filtres sont commun\u00e9ment appliqu\u00e9s. Une prot\u00e9ine est retenue dans la liste finale si au moins x peptides sont identifi\u00e9s (x = 3 est souvent utilis\u00e9 en pratique). On peut aussi filtrer selon le pointage d\u2019une prot\u00e9ine qui est une combinaison du nombre de peptides et de leur score respectif.<\/p>\n<p>Finalement lorsque vous interpr\u00e9tez la liste de prot\u00e9ines obtenue, v\u00e9rifier les points suivants selon le cas pour \u00e9valuer le niveau de confiance de votre prot\u00e9ine.<\/p>\n<ul style=\"list-style-type: disc;\">\n<li>Quel est le taux de faux positifs sur l\u2019ensemble des peptides identifi\u00e9s?<\/li>\n<li>V\u00e9rifier pour une prot\u00e9ine d\u2019int\u00e9r\u00eat si l\u2019ensemble des peptides identifi\u00e9s contient des peptides uniques \u00e0 cette prot\u00e9ine avec un pointage peptidique suffisamment \u00e9lev\u00e9.<\/li>\n<li>Dans le cas d\u2019un isoforme identifi\u00e9, il y a-t-il un peptide unique couvrant un exon sp\u00e9cifique qui confirme cet isoforme?<\/li>\n<li>V\u00e9rifier si la prot\u00e9ine list\u00e9e n\u2019est pas seulement la repr\u00e9sentante d\u2019un groupe de s\u00e9quences de prot\u00e9ines.<\/li>\n<\/ul>\n<div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div class=\"fusion-clearfix\"><\/div><\/div><\/div><div class=\"fusion-layout-column fusion_builder_column fusion-builder-column-1 fusion_builder_column_1_1 1_1 fusion-one-full fusion-column-first fusion-column-last fusion-column-no-min-height\" style=\"--awb-bg-size:cover;--awb-margin-bottom:0px;\"><div class=\"fusion-column-wrapper fusion-flex-column-wrapper-legacy\"><div id=\"attachment_1766\" style=\"width: 680px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/figure2-proteomic.png\"><img decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-1766\" class=\"wp-image-1766 \" src=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/figure2-proteomic.png\" alt=\"figure2-proteomic\" width=\"670\" height=\"394\" srcset=\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/figure2-proteomic-300x176.png 300w, https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2015\/12\/figure2-proteomic.png 993w\" sizes=\"(max-width: 670px) 100vw, 670px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-1766\" class=\"wp-caption-text\"><strong>Fig. 2<\/strong>: Survol de l&rsquo;approche pour mettre en \u00e9vidence des classes distinctes de peptides chez les eukaryotes et prokaryotes. Figure provenant de <a href=\"http:\/\/www.nature.com\/nbt\/journal\/v28\/n7\/full\/nbt0710-647.html\"> Queli et al.(2010)\u00a0<\/a><\/p><\/div>\n<\/div>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Bref, il est important de retenir que l\u2019approche prot\u00e9omique ascendante, ne permet pas une identification absolue de toutes les prot\u00e9ines puisque nous ne disposons pas toutes les pi\u00e8ces du casse-t\u00eate et que certaines sont partag\u00e9es.<div class=\"fusion-clearfix\"><\/div><\/div><\/div><\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>** Collaboration sp\u00e9ciale de la part de la plateforme de prot\u00e9omique ** Suite \u00e0 l&rsquo;analyse de votre \u00e9chantillon par spectrom\u00e9trie de masse, vous recevez g\u00e9n\u00e9ralement vos r\u00e9sultats sous forme d\u2019une liste de prot\u00e9ines. 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