{"id":177,"date":"2014-03-24T11:52:27","date_gmt":"2014-03-24T15:52:27","guid":{"rendered":"http:\/\/binsrv3.iric.ca\/wpbioinfo\/?p=177"},"modified":"2017-04-29T17:19:24","modified_gmt":"2017-04-29T21:19:24","slug":"177","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/177\/","title":{"rendered":"lifelines (ou comment faire des analyses de survie en Python)"},"content":{"rendered":"

Depuis quelques semaines, je fais beaucoup d\u2019analyse de survie. Je ne suis pas une experte dans ce domaine. J\u2019ai appris la base en participant \u00e0 un groupe d\u2019\u00e9tude organis\u00e9 \u00e0 l\u2019interne. \u00c0 chaque rencontre, nous approfondissions la mati\u00e8re du livre \u00ab\u00a0Survival Analysis. A Self-Learning Text\u00a0\u00bb de David G. Kleinbaum et Mitchel Klein. \u00c0 la fin du livre, il y a du code pour aider les d\u00e9butants \u00e0 faire leurs premi\u00e8res analyses en SAS, Stata, SPSS et \u2026 R! J\u2019ai donc utilis\u00e9 le tr\u00e8s bon module R \u2018survival\u2019 pour faire mes premi\u00e8res analyses! Tout s\u2019est bien pass\u00e9, mais mon probl\u00e8me, c\u2019est que je voulais faire mes analyses en Python. J\u2019ai d\u2019abord utilis\u00e9 RPy2<\/a> , un module qui permet d\u2019appeler R dans du code Python. C\u2019est assez cool et il y a aussi un moyen de convertir les structures de donn\u00e9es de module pandas<\/a> vers R. J\u2019utilise pandas pour structurer mes donn\u00e9es en Python; ce module offre un \u00e9quivalent du dataframe de R. Tout fonctionnait tr\u00e8s bien, mais ce genre de code (entrem\u00ealant des langages) est un peu difficile \u00e0 lire et \u00e0 maintenir.<\/p>\n

Je suis alors tomb\u00e9e sur le module lifelines<\/a><\/em> de Cameron Davidson-Pilon. C\u2019est un module en python pour faire de l\u2019analyse de survie. Plus besoin de faire le pont entre R et Python!! Les courbes de Kaplan-Meier se font facilement.<\/p>\n

\"test\"<\/a><\/p>\n

M\u00eame si les mod\u00e8les de Cox (Cox Proprotional Hazard) ne sont pas impl\u00e9ment\u00e9s pour l\u2019instant (Cameron dit que \u00e7a va venir), lifelines<\/em> m\u00e9rite d\u00e9finitivement qu\u2019on lui donne une chance!<\/p>\n

MISE-\u00c0-JOUR

[2014-06-09] : Les mod\u00e8les de Cox sont maintenant disponibles dans la version 0.4 de lifelines!
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