{"id":21,"date":"2014-03-10T12:13:43","date_gmt":"2014-03-10T16:13:43","guid":{"rendered":"http:\/\/binsrv3.iric.ca\/wpbioinfo\/?p=21"},"modified":"2016-11-08T09:30:19","modified_gmt":"2016-11-08T14:30:19","slug":"rstudio","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/rstudio\/","title":{"rendered":"RStudio"},"content":{"rendered":"

Comme pour l’apprentissage de n’importe quel language (et langue), il peut \u00eatre ardu de s’y mettre.\u00a0 Il y a 10 ans, j’ai appris R \u00e0 la console.\u00a0 Aujourd\u2019hui,\u00a0 RStudio<\/a> est l\u00e0 pour nous faciliter la vie.\u00a0 C\u2019est dans cet IDE que je code mon R.<\/p>\n

Cet environnement de d\u00e9veloppement construit sp\u00e9cialement pour R me permet en un coup d\u2019oeil de voir mon script, la console et les graphes que je g\u00e9n\u00e8re (la configuration des diff\u00e9rents panneaux peut \u00eatre personnalis\u00e9e).\u00a0\u00a0 La fen\u00eatre de script envoie directement le code \u00e0 la console en un click de souris ou un control-Enter.\u00a0 Plus besoin de copier-coller!\u00a0 L\u2019aide int\u00e9gr\u00e9e et l\u2019auto-compl\u00e9tion facilitent l\u2019apprentissage et d\u00e9pannent en cas de trous de m\u00e9moire. Un certain nombre de librairies ont \u00e9t\u00e9 int\u00e9gr\u00e9es \u00e0 l\u2019IDE pour ajouter plus de fonctionalit\u00e9s. Par exemple, la librarie manipulate<\/code> permet d\u2019interagir avec les graphes que l\u2019on produit.\u00a0 Quant \u00e0 la librarie knitr<\/code>, elle permet de facilement documenter et partager ses analyses. Un petit clique sur le bouton ressemblant \u00e0 un cahier en haut \u00e0 droite dans le panneau de script et le tour est jou\u00e9.<\/p>\n

La nouvelle version (0.98) permet aussi de produire des pr\u00e9sentations html \u00e9vitant d\u2019avoir \u00e0 copier-coller le r\u00e9sultat de la ligne de commande.\u00a0\u00a0\u00a0 Voici une pr\u00e9sentation que j\u2019ai faite dans RStudio pour une formation d\u2019introduction \u00e0 R.<\/p>\n

https:\/\/bioinfo.iric.ca\/~boucherg\/workshop_R\/presentation.html#\/<\/a><\/p>\n

La pr\u00e9sentation peut s\u2019afficher dans un navigateur comme Google-chrome ou Firefox ou directement dans RStudio.\u00a0 Un autre ajout concerne l\u2019affichage de fichiers html locaux directement dans la fen\u00eatre Viewer<\/em>.\u00a0 Utile quand on travaille avec des librairies comme googleVis<\/code> ou rCharts<\/code>.\u00a0\u00a0 Au niveau de l\u2019\u00e9criture de scripts, des outils de d\u00e9buggage ont aussi \u00e9t\u00e9 ajout\u00e9s et l\u2019int\u00e9gration du package Rcpp<\/code> permet dor\u00e9navant de travailler facilement en C++ , language sous-jacent \u00e0 R.<\/p>\n

\"rstudio\"<\/a><\/p>\n

Les puristes diront que les vrais programmeurs R codent \u00e0 la console.\u00a0 Je crois plut\u00f4t que lorsqu\u2019on a de bons outils \u00e0 notre disposition, il faut en profiter!<\/p>\n

Mise-\u00e0-jour : <\/strong> En parlant de la fen\u00eatre Viewer<\/em>, \u00e7a vaut la peine de jeter un oeil \u00e0 la librarie ggvis<\/code> qui permet la g\u00e9n\u00e9ration de graphes interactifs. Cette librairie (de l’auteur de ggplot2<\/code>, Hadley Wickham) peut facilement \u00eatre utilis\u00e9e dans RStudio, mais aussi dans toutes applications web shiny<\/code>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Comme pour l’apprentissage de n’importe quel language (et langue), il peut \u00eatre ardu de s’y mettre.\u00a0 Il y a 10 ans, j’ai appris R \u00e0 la console.\u00a0 Aujourd\u2019hui,\u00a0 RStudio est l\u00e0 pour nous faciliter la vie.\u00a0 C\u2019est dans cet IDE que je code mon R. Cet environnement de d\u00e9veloppement construit sp\u00e9cialement pour R me permet en un coup d\u2019oeil de voir mon script, la console et les graphes que je g\u00e9n\u00e8re (la configuration des diff\u00e9rents panneaux peut \u00eatre personnalis\u00e9e).\u00a0\u00a0 La […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[24],"tags":[],"class_list":["post-21","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-langage-r"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/21","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=21"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/21\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":538,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/21\/revisions\/538"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=21"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=21"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=21"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}