{"id":2195,"date":"2016-04-18T11:22:25","date_gmt":"2016-04-18T15:22:25","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/?p=2195"},"modified":"2017-04-29T16:59:12","modified_gmt":"2017-04-29T20:59:12","slug":"les-langages-en-bio-informatique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/les-langages-en-bio-informatique\/","title":{"rendered":"Le(s) langage(s) en bio-informatique"},"content":{"rendered":"

La question que l’on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j’ai particip\u00e9 :
\nQuel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ?<\/em><\/p>\n

Comprenez-moi bien, dans un pub autour d’une bi\u00e8re, cette discussion entre membres de l’intelligentsia nerd<\/em> est des plus divertissantes… mais l’illumination survit\u00a0rarement jusqu’au lendemain.<\/p>\n

Ceci dit, j’aimerais partager ici la r\u00e9ponse que j’ai affin\u00e9e au fil des ans. Elle est bas\u00e9e sur le d\u00e9veloppement de comp\u00e9tences dans trois langages<\/strong>, remplissant des r\u00f4les compl\u00e9mentaires et couvrant le\u00a0spectre des t\u00e2ches qu’un bio-informaticien peut s’attendre \u00e0 rencontrer. Pour chacun des r\u00f4les, le langage optimal choisi peut changer avec le contexte sp\u00e9cifique d’application ou avec l’\u00e9volution du domaine.<\/p>\n

    \n
  1. Un langage de haut niveau.<\/span>
    \nIl doit offrir un vaste ensemble de librairies sp\u00e9cifiques \u00e0 votre domaine d’application. Il doit permettre de d\u00e9velopper du code facilement, sans beaucoup de contraintes. On ne se concentre pas sur sa vitesse d’ex\u00e9cution ou sur son extensibilit\u00e9. Ici, Python<\/strong> est g\u00e9n\u00e9ralement le langage le plus fr\u00e9quemment recommand\u00e9. Perl est aussi une autre option! D’autres candidats int\u00e9ressants seraient JavaScript, Julia, Ruby, Clojure… mais leur communaut\u00e9 restreinte\u00a0en bio-informatique signifie que leur s\u00e9lection doit \u00eatre faite avec plus de pr\u00e9cautions.<\/li>\n
  2. Un langage (ou plateforme) d’analyse.<\/span>
    \nCe langage doit permettre un vaste ensemble d’analyses math\u00e9matiques et offrir des fonctionnalit\u00e9s graphiques bien d\u00e9velopp\u00e9es. Il doit supporter la documentation, l’automatisation et la reproductibilit\u00e9 des \u00e9tapes de l’analyse effectu\u00e9e. Ici, R<\/strong> et matlab sont largement utilis\u00e9s. Le choix de l’un versus l’autre d\u00e9pend du champ d’application (R en g\u00e9nomique et en g\u00e9n\u00e9tique, matlab en analyse d’images et \u00e9tude de syst\u00e8mes dynamiques).<\/li>\n
  3. Un langage de bas niveau, compil\u00e9.<\/span>
    \nIci, la vitesse d’ex\u00e9cution et le contr\u00f4le pr\u00e9cis de l’allocation des ressources sont les facteurs d\u00e9terminants. Ma\u00eetriser un langage de bas niveau est optionnel, plusieurs bio-informaticiens ne rencontreront d’ailleurs jamais de probl\u00e8mes requ\u00e9rant ce type de d\u00e9veloppement durant leur carri\u00e8re. C\/C++<\/strong> serait aujourd’hui le standard de facto<\/em>, mais Java, C#, swift et m\u00eame Fortran pourraient \u00eatre des choix judicieux d\u00e9pendant du contexte d’application. Notez qu’une strat\u00e9gie tr\u00e8s efficace lorsque l’on d\u00e9veloppe un syst\u00e8me informatique complexe est d’utiliser un langage de bas niveau pour construire des extensions pour un langage de plus haut niveau (role #1). On se concentre ainsi sur du d\u00e9veloppement de code de bas niveau seulement pour les parties plus exigeantes\u00a0en m\u00e9moire ou en ressources du syst\u00e8me.<\/li>\n<\/ol>\n

    Certains se plaindront\u00a0qu’apprendre trois langages repr\u00e9sente\u00a0un investissement d\u00e9mesur\u00e9, mais l’alternative est de risquer d’\u00eatre pris \u00e0 impl\u00e9menter un certain type de solution dans un langage inad\u00e9quat. J’ai \u00e9t\u00e9 t\u00e9moin de ceci \u00e0 plusieurs reprises : un service web en R, un r\u00e9seau de neurones en python \u00ab\u00a0vanille\u00a0\u00bb (pr\u00e9-numpy) ou un parser<\/em> de fichiers bas\u00e9s sur des expressions r\u00e9guli\u00e8res en C++… Et ce qui est pire que tout, ce sont les opportunit\u00e9s\u00a0manqu\u00e9es\u00a0suite \u00e0 l’abandon d’un projet ou d’une analyse d\u00fb \u00e0 des limitations inh\u00e9rentes au langage s\u00e9lectionn\u00e9.<\/p>\n

    Et, pour la minorit\u00e9 d’entre vous pour qui conna\u00eetre trois langages semble bien peu, et bien… c’est \u00e0 \u00e7a que servent les passe-temps!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    La question que l’on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j’ai particip\u00e9 : Quel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ? Comprenez-moi bien, dans un pub autour d’une bi\u00e8re, cette discussion entre membres de l’intelligentsia nerd est des plus divertissantes… mais l’illumination survit\u00a0rarement jusqu’au lendemain. Ceci dit, j’aimerais partager ici la r\u00e9ponse que j’ai affin\u00e9e au fil des ans. Elle est bas\u00e9e sur le d\u00e9veloppement de […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[41],"tags":[144],"class_list":["post-2195","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-bioinformatique","tag-debutant"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2195","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2195"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2195\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2203,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2195\/revisions\/2203"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2195"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2195"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2195"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}