![\"\"](\"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/wpbioinfo\/wp-content\/uploads\/2018\/01\/Screen-Shot-2018-01-28-at-3.40.49-PM-1024x318.png\")
<\/p>\nSupposons que tous vos r\u00e9sultats pour un projet donn\u00e9 sont conserv\u00e9s dans des fichiers Excel nomm\u00e9s exp1.xlsx, exp2_20170708.xlsx, exp_prolif_072017.xlsx, et ainsi de suite. Supposons aussi que le contenu du fichier exp1.xlsx ressemble \u00e0 ceci :<\/p>\n
<\/p>\n
Ce fichier est tr\u00e8s convivial pour un humain, mais pas pour un ordinateur. Disons qu’un jour, vous d\u00e9cidez (ou votre patron d\u00e9cide) que vous avez besoin d’une base de donn\u00e9es pour organiser vos r\u00e9sultats plut\u00f4t que de les conserver dans vingt-six fichiers Excel diff\u00e9rents. Si tous vos fichiers ressemblent \u00e0 exp1.xlsx tel que d\u00e9crit plus haut, vous allez avoir besoin d’investir une quantit\u00e9 de temps non n\u00e9gligeable \u00e0 nettoyer vos donn\u00e9es avant m\u00eame de commencer \u00e0 penser au sch\u00e9ma de votre base de donn\u00e9es. Ce travaille de nettoyage\u00a0 vaut aussi si vous voulez analyser vos donn\u00e9es dans R, par exemple.<\/p>\n
Dans l’exemple ci-haut, plusieurs \u00e9l\u00e9ments repr\u00e9sentent un d\u00e9fi pour un script informatique :<\/p>\n
Concernant l’exp\u00e9rience m\u00eame, avec si peu d’information dans le fichier ou dans le nom du fichier, il est difficile de savoir dans quel contexte les r\u00e9sultats ont \u00e9t\u00e9 g\u00e9n\u00e9r\u00e9s (type d’exp\u00e9rience, concentrations des compos\u00e9s, type d’\u00e9chantillons, m\u00e9thode pour calculer l’IC50, etc.). Vous avez bien s\u00fbr les r\u00e9sultats importants, les IC50, mais sans les m\u00e9tadonn\u00e9es associ\u00e9es, ces r\u00e9sultats ne sont pas tr\u00e8s informateurs. Vous connaissez s\u00fbrement toutes les conditions qui y sont associ\u00e9es, mais ce n’est pas n\u00e9cessairement le cas de vos collaborateurs.<\/p>\n
Alors pourquoi ne pas adopter de bonnes habitudes d\u00e8s le d\u00e9part? Par exemple :<\/p>\n
Voici \u00e0 quoi ressemblerait exp1.xlsx apr\u00e8s quelques modifications pour le rendre plus convivial pour un ordinateur. Il devrait \u00eatre renomm\u00e9 IC50_cellLineX_20170710_GBoucher_1.xlsx et \u00eatre associ\u00e9 \u00e0 son fichier de m\u00e9tadonn\u00e9es.<\/p>\n
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<\/p>\n
Le fichier est encore utilisable et plaisant pour les humains. Donc, si vous pouvez, essayez d’adopter ces bonnes pratiques d\u00e8s le d\u00e9part!<\/p>\n
En fait, les bonnes pratiques existent dans tous les domaines. Dans certains domaines, il est obligatoire de s’y conformer. Pensez notamment aux modes op\u00e9ratoires normalis\u00e9s (\u00ab\u00a0Standard Operating Procedures\u00a0\u00bb ou SOPs) existant dans les laboratoires de recherche clinique ou pharmaceutique. Dans d’autres domaines, les bonnes pratiques sont fortement encourag\u00e9es mais ne sont pas toujours appliqu\u00e9es. N\u00e9anmoins, elles facilitent les choses lors des collaborations ou lorsque l’on doit revisiter un vieux projet.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Supposons que tous vos r\u00e9sultats pour un projet donn\u00e9 sont conserv\u00e9s dans des fichiers Excel nomm\u00e9s exp1.xlsx, exp2_20170708.xlsx, exp_prolif_072017.xlsx, et ainsi de suite. Supposons aussi que le contenu du fichier exp1.xlsx ressemble \u00e0 ceci : Ce fichier est tr\u00e8s convivial pour un humain, mais pas pour un ordinateur. Disons qu’un jour, vous d\u00e9cidez (ou votre patron d\u00e9cide) que vous avez besoin d’une base de donn\u00e9es pour organiser vos r\u00e9sultats plut\u00f4t que de les conserver dans vingt-six fichiers Excel diff\u00e9rents. Si […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[41,42],"tags":[],"class_list":["post-3886","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-bioinformatique","category-biologie"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/3886","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3886"}],"version-history":[{"count":14,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/3886\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3914,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/3886\/revisions\/3914"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3886"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=3886"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=3886"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}