\u00c0 un certain moment dans votre carri\u00e8re de bioinformaticien, vous aurez \u00e0 \u00e9crire des scripts shell, c’est in\u00e9vitable ! Alors discutons d’une strat\u00e9gie qui vous permettra \u00e0 la fois de rendre vos scripts r\u00e9-utilisables et de garder une trace des param\u00e8tres utilis\u00e9s pour g\u00e9n\u00e9rer une s\u00e9rie de r\u00e9sultats.<\/p>\n
(Avertissement<\/strong>: les proc\u00e9dures d\u00e9crites ci-bas ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9es \u00e0 l’aide du shell BASH, des modifications pourraient s’av\u00e9rer n\u00e9cessaires si vous utilisez un shell diff\u00e9rent.)<\/p>\n Il existe plusieurs techniques pour passer des param\u00e8tres \u00e0 vos scripts shell. <\/p>\n Une mani\u00e8re hyper simple consiste \u00e0 utiliser les variables shell num\u00e9rot\u00e9es<\/em>. Grosso modo, toute chaine de caract\u00e8res ajout\u00e9e \u00e0 la suite de votre appel de script devient disponible \u00e0 l’int\u00e9rieur de celui-ci par le biais des variables $1, $2, etc..<\/p>\n (Astuce<\/strong>: Bien que ce ne soit pas n\u00e9cessaire, le fait d’envelopper vos noms de variable au sein d’accolades ({}) est une bonne pratique qui pourrait vous \u00e9pargner des maux de t\u00eate plus tard.)<\/p>\n C’est pratique, mais ce n’est pas exactement le but recherch\u00e9. De plus, le positionnement des arguments devient fixe alors on perd un peu de flexibilit\u00e9.<\/p>\n La seconde option \u00e0 laquelle nous sommes confront\u00e9s est g\u00e9n\u00e9ralement l’usage de l’utilitaire getopts. <\/p>\n Nous sommes maintenant libres de fournir les param\u00e8tres dans l’ordre de notre choix:<\/p>\n On se rapproche de notre but ! Utilisons ce que nous avons vu jusqu’ici afin de r\u00e9aliser notre but d’obtenir un script r\u00e9-utilisable ainsi qu’une trace des param\u00e8tres utilis\u00e9s lors de son ex\u00e9cution.<\/p>\n Consid\u00e9rons ce script freebayes.sh tout simple:<\/p>\n Comme vous pouvez le constater, la valeur des param\u00e8tres suivants doit \u00eatre fournie par l’utilisateur: Ajoutons un peu de code pour traiter les param\u00e8tres:<\/p>\n Mais attendez un instant, pourquoi s’attend-on \u00e0 ne recevoir qu’un seul argument ? La r\u00e9ponse se trouve dans la commande source<\/a>. On peut maintenant storer notre script freebayes.sh<\/em> r\u00e9-utilisable dans un r\u00e9pertoire g\u00e9n\u00e9ral (tel que ~\/mon_projet\/lib\/) et l’ex\u00e9cuter \u00e0 partir d’un autre r\u00e9pertoire en pr\u00e9cisant le fichier .conf \u00e0 utiliser. Une bonne strat\u00e9gie consiste \u00e0 storer le fichier .conf au sein du r\u00e9pertoire de l’analyse.<\/p>\n De cette fa\u00e7on, lorsque l’on voudra v\u00e9rifier la version du binaire freebayes ou du g\u00e9nome de r\u00e9f\u00e9rence utilis\u00e9 pour cr\u00e9er le jeux de donn\u00e9es quelques mois ou ann\u00e9es plus tard, nous n’aurons qu’\u00e0 consulter le fichier .conf ! Travailler ainsi repr\u00e9sente s\u00fbrement un effort suppl\u00e9mentaire , mais je crois que le jeu en vaut la chandelle.<\/p>\n Laissez-moi savoir ce que vous en pensez !<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" \u00c0 un certain moment dans votre carri\u00e8re de bioinformaticien, vous aurez \u00e0 \u00e9crire des scripts shell, c’est in\u00e9vitable ! Alors discutons d’une strat\u00e9gie qui vous permettra \u00e0 la fois de rendre vos scripts r\u00e9-utilisables et de garder une trace des param\u00e8tres utilis\u00e9s pour g\u00e9n\u00e9rer une s\u00e9rie de r\u00e9sultats. (Avertissement: les proc\u00e9dures d\u00e9crites ci-bas ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9es \u00e0 l’aide du shell BASH, des modifications pourraient s’av\u00e9rer n\u00e9cessaires si vous utilisez un shell diff\u00e9rent.) Il existe plusieurs techniques pour passer des param\u00e8tres […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[41],"tags":[],"class_list":["post-4116","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-bioinformatique"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4116","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4116"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4116\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4123,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4116\/revisions\/4123"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4116"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=4116"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=4116"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}Variables shell num\u00e9rot\u00e9es<\/h3>\n
%> cat simple_script.sh\r\n#!\/bin\/bash\r\necho \"Salutation: ${1}\"\r\necho \"Cible: ${2}\"\r\n\r\n%> .\/simple_script.sh hello world\r\nSalutation: hello\r\nCible: world <\/code><\/pre>\nUtilitaire getopts<\/h3>\n
%> cat getopts_script.sh\r\n#!\/bin\/bash\r\nwhile getopts s:c: option\r\ndo\r\n case \"${option}\"\r\n in\r\n s) SALUTATION=${OPTARG};;\r\n c) CIBLE=${OPTARG};;\r\n esac\r\ndone\r\n\r\necho \"Salutation: ${GREETING}\"\r\necho \"Cible: ${TARGET}\"\r\n\r\n%> .\/getopts_script.sh -s hello -c world\r\nSalutation: hello\r\nCible: world <\/code><\/pre>\n% .\/getopts_script.sh -c world -s hello\r\nSalutation: hello\r\nCible: world <\/code><\/pre>\n
\nMais avant de poursuivre, prenons quelques instants pour bien comprendre ce qui se passe.
\nEssentiellement, nous it\u00e9rons au travers des param\u00e8tres pass\u00e9s lors de l’appel du script (la boucle while<\/strong>) et nous ex\u00e9cutons des blocs d’instructions en r\u00e9action \u00e0 la pr\u00e9sence des param\u00e8tres (\u00e0 l’aide du bloc case<\/strong>).<\/p>\nMettons tout \u00e7a ensemble<\/h3>\n
%> cat freebayes.sh\r\n#!\/bin\/bash\r\n${FREEBAYES_SOFT} -C ${COUVERTURE} -f ${GENOME} ${BAM} > ${PWD}\/var.${COUVERTURE}X.vcf<\/code><\/pre>\n
\n
\nFREEBAYES_SOFT: l'ex\u00e9cutable Freebayes
\nCOUVERTURE: la valeur du param\u00e8tre couverture de Freebayes
\nGENOME: l'emplacement du g\u00e9nome de r\u00e9f\u00e9rence
\nBAM: l'emplacement du fichier .bam contenant nos donn\u00e9es SNG align\u00e9es
\n<\/code>
\n(Astuce<\/strong>: PWD est une variable BASH qui r\u00e9f\u00e9rence le r\u00e9pertoire courant) <\/p>\n%> cat freebayes.sh\r\n#!\/bin\/bash\r\nwhile getopts c: option\r\ndo\r\n case \"${option}\"\r\n in\r\n c) source ${OPTARG};;\r\n esac\r\ndone\r\n\r\n${FREEBAYES_SOFT} -C ${COUVERTURE} -f ${GENOME} ${BAM} > ${PWD}\/var.${COUVERTURE}X.vcf<\/code><\/pre>\n
\nJe vous ai promis une trace des param\u00e8tres utilis\u00e9s lors de l’ex\u00e9cution, non ?
\nEt bien, on peut maintenant atteindre notre but en sp\u00e9cifiant les valeurs des param\u00e8tres n\u00e9cessaires \u00e0 l’ex\u00e9cution de freebayes.sh au sein d’un second fichier (appelons-le freebayes_run.conf) de cette mani\u00e8re:<\/p>\n%> cat freebayes_run.conf\r\n#!\/bin\/bash\r\nFREEBAYES_SOFT=\/soft\/bioinfo\/freebayes-1.2.0\/bin\/freebayes\r\nCOUVERTURE=5\r\nGENOME=\/soft\/bioinfo\/resources\/genomes\/GRCh38_88\/genome\/GRCh38.fa\r\nBAM=~\/mon_projet\/alignments\/mon_echantillon.bam\r\n<\/code><\/pre>\n%> ~\/mon_projet\/lib\/freebayes.sh -c .\/freebayes_run.conf<\/code><\/pre>\n