{"id":548,"date":"2014-09-12T11:05:00","date_gmt":"2014-09-12T15:05:00","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/?p=548"},"modified":"2016-11-08T09:30:17","modified_gmt":"2016-11-08T14:30:17","slug":"enrichissements-et-test-exact-de-fisher","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/enrichissements-et-test-exact-de-fisher\/","title":{"rendered":"Enrichissements et test exact de Fisher"},"content":{"rendered":"

En travaillant sur un ensemble de donn\u00e9es AML (leuc\u00e9mie aigu\u00eb my\u00e9lo\u00efde), je suis tomb\u00e9 sur un g\u00e8ne X<\/em>. Lorsque son expression est haute, une mutation dans le g\u00e8ne Y<\/em> est pr\u00e9sente dans 50% des \u00e9chantillons (cette mutation n’\u00e9tant pr\u00e9sente que dans 20% de l’ensemble de donn\u00e9es). Y aurait-il un lien entre ces deux observations?<\/p>\n

Et si on y mettait des chiffres: des 131 \u00e9chantillons de l’ensemble de donn\u00e9es, 28 ont une mutation dans le g\u00e8ne Y<\/em>, 6 expriment hautement le g\u00e8ne X<\/em> et 3 poss\u00e8dent ces deux caract\u00e9ristiques. La table de contingence (ci-dessous) sert \u00e0 repr\u00e9senter la distribution de ces caract\u00e9ristiques:<\/p>\n\n\n\n\n\n\n
<\/td>\nMutation dans\u00a0Y<\/em><\/td>\nPas de mutation dans\u00a0Y<\/em><\/td>\nTotal<\/td>\n<\/tr>\n
Haute expression de\u00a0X<\/em><\/td>\n3<\/strong><\/td>\n3<\/td>\n6<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n
Basse expression de\u00a0X<\/em><\/td>\n25<\/td>\n100<\/td>\n125<\/td>\n<\/tr>\n
Total<\/td>\n28<\/strong><\/td>\n103<\/td>\n131<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

\nL’histoire se complique: seulement 6 \u00e9chantillons pr\u00e9sentent une haute expression du g\u00e8ne X<\/em>.
\nSupposons maintenant que le fait de voir un peu plus d’\u00e9chantillons pr\u00e9sentant les deux caract\u00e9ristiques dans notre jeu de donn\u00e9es soit le fruit du hasard. Une pure co\u00efncidence. \u00c0 quelle fr\u00e9quence cette co\u00efncidence se produirait-elle si on assume que la fr\u00e9quence de la mutation dans Y<\/em> est \u00e9gale entre les deux groupes pr\u00e9sentant une basse et haute expression de X<\/em>? <\/p>\n

Cette probabilit\u00e9 correspond \u00e0 la p-value<\/em> calcul\u00e9e par un test de Fisher dans R:<\/p>\n

> fisher.test (matrix (c(3, 3, 25, 100), nrow=2, byrow=T))<\/strong>\r\n\r\nFisher's Exact Test for Count Data\r\n\r\ndata: matrix(c(3, 3, 25, 100), nrow = 2)\r\np-value = 0.1116\r\nalternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1\r\n95 percent confidence interval:\r\n0.4982704 31.2702870\r\nsample estimates:\r\nodds ratio\r\n3.944561<\/pre>\n
Il y a deux nombres qui nous int\u00e9ressent dans ce r\u00e9sultat. La p-value<\/em>, qui est de 0.1116, signifie qu’il y a 11\u00a0% de chances d’observer ce type de divergence entre les deux groupes en l’absence d’une r\u00e9elle diff\u00e9rence. Le odds ratio<\/em> ou rapport de chances (parfois\u00a0rapport de cotes), estime l’ampleur de l’enrichissement. En combinant ces deux informations, nous concluons que malgr\u00e9 l’observation de pr\u00e8s de 4 fois plus de mutations dans le groupe pr\u00e9sentant une sur-expression du g\u00e8ne X<\/em> (1:1 vs 1:4), nous ne pouvons pas rejeter l’hypoth\u00e8se que ces observations soient\u00a0dues \u00e0 une co\u00efncidence.<\/p>\n
Il faut faire attention, cependant, car ces donn\u00e9es ne supportent pas l’absence de diff\u00e9rences. En fait, nous ne pouvons m\u00eame pas confirmer que le rapport de chances (odds ratio) est de moins de 4:<\/p>\n
> fisher.test (matrix (c(3, 3, 25, 100), nrow=2, byrow=T), or=4, alt=\"less\")<\/strong>\r\n\r\nFisher's Exact Test for Count Data\r\n\r\ndata: matrix(c(3, 3, 25, 100), nrow = 2, byrow = T)\r\np-value = 0.6555\r\nalternative hypothesis: true odds ratio is less than 4\r\n95 percent confidence interval:\r\n0.00000 23.04848\r\nsample estimates:\r\nodds ratio\r\n3.944561<\/pre>\n
On dit parfois que les statistiques peuvent nous raconter n’importe quelle histoire\u2026. \u00a0Ici, les statistiques restent pourtant r\u00e9solument muettes!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
En travaillant sur un ensemble de donn\u00e9es AML (leuc\u00e9mie aigu\u00eb my\u00e9lo\u00efde), je suis tomb\u00e9 sur un g\u00e8ne X. Lorsque son expression est haute, une mutation dans le g\u00e8ne Y est pr\u00e9sente dans 50% des \u00e9chantillons (cette mutation n’\u00e9tant pr\u00e9sente que dans 20% de l’ensemble de donn\u00e9es). Y aurait-il un lien entre ces deux observations? Et si on y mettait des chiffres: des 131 \u00e9chantillons de l’ensemble de donn\u00e9es, 28 ont une mutation dans le g\u00e8ne Y, 6 expriment hautement le  […]<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[41,27],"tags":[],"class_list":["post-548","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-bioinformatique","category-statistiques"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/548","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=548"}],"version-history":[{"count":12,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/548\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":568,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/548\/revisions\/568"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=548"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=548"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=548"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}