{"id":834,"date":"2014-10-20T12:48:55","date_gmt":"2014-10-20T16:48:55","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo.iric.ca\/?p=834"},"modified":"2019-06-05T10:29:11","modified_gmt":"2019-06-05T14:29:11","slug":"diagrammes-de-venn-un-cauchemar-pour-la-visualisation-de-donnees","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/bioinfo.iric.ca\/fr\/diagrammes-de-venn-un-cauchemar-pour-la-visualisation-de-donnees\/","title":{"rendered":"Diagrammes de Venn: un cauchemar pour la visualisation de donn\u00e9es"},"content":{"rendered":"

J’ai r\u00e9cemment lu un article<\/a> introduisant un aligneur (read mapper<\/em>) tr\u00e8s inspirant pour les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age d’ARN (RNA-Seq<\/em>). \u00a0Dans la pr\u00e9sentation de leurs r\u00e9sultats, les auteurs ont voulu comparer le\u00a0nombre de jonctions d’\u00e9pissage d\u00e9tect\u00e9es par quatre aligneurs diff\u00e9rents; leur but \u00e9tant de montrer le chevauchement entre leur m\u00e9thode et les diff\u00e9rentes m\u00e9thodes existantes. Ils ont choisi de pr\u00e9senter ces donn\u00e9es sous la forme d’un diagramme de Venn (voir la figure 1). Je suis rest\u00e9 plusieurs minutes \u00e0 fixer cette mosa\u00efque color\u00e9e… sans en retirer beaucoup d’informations.<\/p>\n

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\"Exemple<\/a>

Figure 1: \u00a0Exemple d’un diagramme de Venn \u00e0 quatre ensembles.<\/strong> Reproduction de la figure 4b de Genome Biology<\/em>, 14<\/strong>(3):R30, 2013.<\/p><\/div>\n

Quels aligneurs pr\u00e9sentent le plus de similitudes dans leurs pr\u00e9dictions de jonctions? Est-ce qu’il y a un aligneur dont les r\u00e9sultats diff\u00e8rent plus particuli\u00e8rement des autres (outlier<\/em>)? Tentez de r\u00e9pondre \u00e0 ces questions en utilisant le diagramme de Venn reproduit \u00e0 la figure 1.<\/p>\n

J’ai sorti les nombres de la figure et essay\u00e9 de construire une repr\u00e9sentation alternative facilitant l’exploration des r\u00e9sultats. La figure 2 montre une version rudimentaire de cet essai. Au premier coup d’oeil, il est facile de voir que 65% des jonctions sont identifi\u00e9es par les quatre aligneurs (bonne nouvelle!). Tophat est\u00a0plut\u00f4t marginal; CRAC, GSNAP et MapSplice ayant plus de 86% de jonctions en commun. Seulement une petite fraction des jonctions sont uniques \u00e0 chaque\u00a0aligneur (1-2%). MapSplice semble \u00eatre le plus conservateur des quatre (seulement 815 jonctions uniques).<\/p>\n

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\"Exploration<\/a>

Figure 2: \u00a0Exploration du diagramme de Venn.<\/strong> Ces nombres sont ais\u00e9ment calcul\u00e9s par la fonction \u00ab\u00a0sommeprod\u00a0\u00bb de votre tabulateur pr\u00e9f\u00e9r\u00e9.<\/p><\/div>\n

Cette repr\u00e9sentation alternative prend un peu plus d’espace (quand il y a plus de deux cat\u00e9gories) et est fondamentalement moins color\u00e9e, mais elle atteint l’objectif principal: permettre au lecteur de comprendre les donn\u00e9es! La prochaine fois, avant de lancer Venny (ici<\/a>), demandez-vous si le diagramme de Venn est vraiment le moyen le plus convenable de montrer le chevauchement observ\u00e9 dans vos donn\u00e9es.

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