Un outil en ligne de commande développé pour classer les meilleurs gènes prédictifs (PG) et améliorer la détection des biomarqueurs. Pour cela, EPCY évalue le potentiel prédictif de chaque expression de gènes.
Publication:
- EPCY: Evaluation of Predictive CapabilitY for ranking biomarker gene candidates. Poster at ISMB ECCB 2019: https://f1000research.com/posters/8-1349
Un outil en ligne de commande développé pour identifier et quantifier des polymorphismes nucléotidiques, insertions, délétions et duplications à partir de données de séquençage ARN.
Publications:
- Targeted variant detection using unaligned RNA-Seq reads. Life science Alliance 2019 Aug 19;2(4); doi: https://doi.org/10.26508/lsa.201900336
- Target variant detection in leukemia using unaligned RNA-Seq reads. bioRxiv 295808; doi: https://doi.org/10.1101/295808
Links: Git
Logiciel intégratif conçu pour fournir une interface permettant de visualiser et d’interroger de grands ensembles de données, notamment des données issues de séquençage, des dossiers cliniques et des réponses aux composés chimiques.
Publication:
- MiSTIC, an integrated platform for the analysis of heterogeneity in large tumour transcriptome datasets. Nucleic Acids Res. 2017, https://doi.org/10.1093/nar/gkx338, PMID: 28472340
Links: Git, Public version, Demo