Pensez comme un ordinateur

Supposons que tous vos résultats pour un projet donné sont conservés dans des fichiers Excel nommés exp1.xlsx, exp2_20170708.xlsx, exp_prolif_072017.xlsx, et ainsi de suite. Supposons aussi que le contenu du fichier exp1.xlsx ressemble à ceci : Ce fichier est très convivial pour un humain, mais pas pour un ordinateur. Disons qu'un jour, vous décidez (ou votre patron décide) que vous avez besoin d'une base de données pour organiser vos résultats plutôt que de les conserver dans vingt-six fichiers Excel différents. Si [...]

By | 2018-02-08T13:33:20+00:00 6 février 2018|Categories: Bioinformatique, Biologie|0 Commentaires

Un exemple utilisant multiprocessing et plus

Récemment, j'ai eu à chercher une structure chimique donnée dans une liste de structures. En utilisant les librairies python de chimie informatique pybel et rdkit, je suis facilement arrivée à faire cette recherche, mais celle-ci prenait beaucup trop de temps à mon goût. En me demandant comment l'accélérer, je me suis souvenue de l'article de blog de Jean-Philippe intitulé "Faites travailler vos CPUs !". J'ai donc décidé de suivre ses instructions et de faire travailler mes CPUs! But Trouver une [...]

By | 2017-12-11T12:56:26+00:00 11 décembre 2017|Categories: Bioinformatique, Informatique, Performance|0 Commentaires

Le surapprentissage et la régularisation

Cette série d'articles sur l'apprentissage machine ne serait complète sans y couvrir le surapprentissage et la régularisation. Le surapprentissage L'une des difficultés rencontrée lors de l'application de techniques d'apprentissage machine est le surapprentissage. Plus les techniques utilisées sont puissantes (grand nombre de paramètres libres), plus nous sommes susceptibles au surapprentissage. Lors du surapprentissage, le modèle diverge du principe du rasoir d'Occam en augmentant si bien son niveau de complexité qu'il finit par essentiellement mémoriser chaque détails de l'ensemble d'entraînement. Un modèle [...]

By | 2017-10-30T12:54:24+00:00 30 octobre 2017|Categories: Analyse de données, Apprentissage automatique|0 Commentaires

Laissez-le errer… Libérer votre code !

Aujourd'hui, j'ai pensé faire quelque chose de légèrement différent et discuter un peu sur les attentes que l'on peut avoir à rendre son code public. Je me suis dit qu'il serait intéressant d'interviewer un membre de notre groupe qui possède une solide expérience dans ce type d'activité, Tariq Daouda, afin de tirer profit de ses expériences passées. Alors, sans plus attendre, on se jette à l'eau ! JP: Bonjour Tariq, je suis bien content que tu aies accepté cette invitation. [...]

By | 2017-10-20T13:23:27+00:00 16 octobre 2017|Categories: Informatique|Tags: , |0 Commentaires

Une semaine d’apprentissage profond

Du 21 au 25 août se tenait la toute première édition de l'École d'été francophone en apprentissage profond donnée par IVADO et le MILA. Le but de cette semaine était de "[donner aux] participants les bases théoriques et pratiques nécessaires à comprendre le domaine [de l'apprentissage profond] ". Quelques membres de la plateforme et moi-même avons participé à ces cinq jours de formation. Je dois être bien honnête, l'apprentissage profond me faisait un peu peur les premières fois que j'ai [...]

By | 2017-09-22T13:45:58+00:00 22 septembre 2017|Categories: Apprentissage automatique, Informatique|0 Commentaires