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Documentez votre travail par l’ajout de paramètres à vos scripts shell

14 août 2018|0 Comments

À un certain moment dans votre carrière de bioinformaticien, vous aurez à écrire des scripts shell, c'est inévitable ! Alors discutons d'une stratégie qui vous permettra à la fois de rendre vos scripts ré-utilisables et de garder une [...]

Un mot concernant la variabilité non désirée

24 juillet 2018|0 Comments

Toutes les expériences d'expression génique sont influencées par plusieurs variables. Il y a celle qui nous intéresse (la variable d'intérêt) et...les autres.   Ces autres variables (d'origine technique ou biologique), introduisent de la variabilité dans les données. Et elle [...]

Comprendre comment fonctionne kallisto

28 mars 2018|0 Comments

En 2016,  Bray et al. ont introduit une nouvelle méthode basée sur les k-mers pour estimer l'abondance des isoformes dans les données de RNA-Seq.  La méthode s'appelle kallisto.  Comparée aux méthodes existantes, pour une précision de résultat comparable, kallisto est [...]

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