JPLaverdure

About Jean-Philippe

Bien qu'originellement formé en biologie moléculaire, j'ai vite réalisé que mon coeur appartenait à la bioinformatique ! (Comment peut-on être confronté à un HMM et ne pas tomber en amour ?). Je passe le gros des mes journées à écrire du Python mais je dois admettre que je commence à apprécier mes escapades occasionnelles en R.
Rockin' out at the platform !

Documentez votre travail par l’ajout de paramètres à vos scripts shell

À un certain moment dans votre carrière de bioinformaticien, vous aurez à écrire des scripts shell, c'est inévitable ! Alors discutons d'une stratégie qui vous permettra à la fois de rendre vos scripts ré-utilisables et de garder une trace des paramètres utilisés pour générer une série de résultats. (Avertissement: les procédures décrites ci-bas ont été testées à l'aide du shell BASH, des modifications pourraient s'avérer nécessaires si vous utilisez un shell différent.) Il existe plusieurs techniques pour passer des paramètres [...]

By |2018-08-14T14:29:36+00:0014 août 2018|Categories: Bioinformatique|0 Commentaires

Laissez-le errer… Libérer votre code !

Aujourd'hui, j'ai pensé faire quelque chose de légèrement différent et discuter un peu sur les attentes que l'on peut avoir à rendre son code public. Je me suis dit qu'il serait intéressant d'interviewer un membre de notre groupe qui possède une solide expérience dans ce type d'activité, Tariq Daouda, afin de tirer profit de ses expériences passées. Alors, sans plus attendre, on se jette à l'eau ! JP: Bonjour Tariq, je suis bien content que tu aies accepté cette invitation. [...]

By |2017-10-20T13:23:27+00:0016 octobre 2017|Categories: Informatique|Tags: , |0 Commentaires

Flux de données et programmation réactive

Qu'est-ce que tout cela ? ReactiveX est la combinaison des meilleures idées du modèle observateur, du modèle itérateur et de la programmation fonctionnelle. À l'aide des librairies Rx, vous pouvez aisément: - Créer des flux de données ou d'évènements à partir de sources diverses comme des fichiers ou des services web - Fusionner ou transformer ces flux grâce à divers opérateurs - Souscrire aux flux et "réagir" à leurs émissions pour produire de nouvelles données L'intérêt pour la programmation réactive [...]

Filtrer des SNPs à l’aide de pyGeno

En parcourant le contenu de notre blogue en plein croissance (beau travail, collègues !), je me rends compte qu'aucun de nous n'a encore publié un article en rapport avec la fantastique ressource bioinformatique qu'est pyGeno (qui plus est, un logiciel maison). Il se trouve qu'en plus d'être mon tour de publier un article, je dois justement faire usage de pyGeno afin de générer un jeu de données, quelle merveilleuse coïncidence ! Je concentrerai cet article sur l'écriture d'un SNP filter, [...]

By |2017-04-29T17:55:25+00:009 décembre 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: , |0 Commentaires

Traitement parallèle facile avec R (suite)

La dernière fois que j'ai abordé ce sujet, je vous ai présenté une technique vraiment simple pour changer vos appels lapply en leur équivalents parallèles mclapply. Mais bien que ce soit une modification extrêmement simple à implémenter et qui donne d'excellent gains en performance, celle-ci nécessitait toutefois que votre code fasse déjà usage de lapply. Alors explorons une autre techinque simple pour introduire du traitement parallèle dans votre code source existant à l'aide des librairies foreach et doMC. La librairie [...]

By |2017-04-29T17:04:48+00:0019 septembre 2016|Categories: Performance, R|Tags: , |0 Commentaires