About Sébastien

Informaticien de formation, j'occupe mon temps à faire parler les données biologiques… tous les moyens sont bons!

Dois-je calculer une « p-value »?

Le besoin d'appliquer des statistiques appropriées en génomique a été bien documenté.  Plusieurs approches statistiques astucieuses ont été mises au point et de nombreux logiciels ont été développés (certains gratuits et très performants).  Malgré tout, je reçois fréquemment la visite d'un étudiant ou chercheur qui se demande s'il doit rapporter la magnitude d'un effet (ex. le gène X est sur-exprimé 4.5 fois dans la condition A vs B) ou le niveau de signification statistique de cette magnitude (ex. le gène X est [...]

By |2016-11-08T09:30:16+00:0014 octobre 2014|Categories: Statistiques|0 Commentaires

Enrichissements et test exact de Fisher

En travaillant sur un ensemble de données AML (leucémie aiguë myéloïde), je suis tombé sur un gène X. Lorsque son expression est haute, une mutation dans le gène Y est présente dans 50% des échantillons (cette mutation n'étant présente que dans 20% de l'ensemble de données). Y aurait-il un lien entre ces deux observations? Et si on y mettait des chiffres: des 131 échantillons de l'ensemble de données, 28 ont une mutation dans le gène Y, 6 expriment hautement le [...]

By |2016-11-08T09:30:17+00:0012 septembre 2014|Categories: Bioinformatique, Statistiques|0 Commentaires
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