Comprendre comment fonctionne kallisto
En 2016, Bray et al. ont introduit une nouvelle méthode basée sur les k-mers pour estimer l'abondance des isoformes dans les données de RNA-Seq. La méthode s'appelle kallisto. Comparée aux méthodes existantes, pour une précision de résultat comparable, kallisto est plus rapide et plus efficace en mémoire ce qui constitue une amélioration significative. En fait, kallisto est capable de quantifier l'expression d'un échantillon en l'espace d'une vingtaine de minutes au lieu de prendre plusieurs heures. Comme cette méthode est légère et conviviale, [...]
