Visualisation de données

Mise en forme de fichiers de données pour Circos avec R

Lorsqu'il est question de générer une image Circos, la mise en forme des données est une des étapes les plus importantes. Voici quelques points clés pouvant vous aider à éviter le redoutable ***CIRCOS ERROR***. Tous les fichiers de données doivent être en format texte, c'est-à-dire avoir une extension .txt et utiliser une tabulation comme séparateur.  R s'avère très utile pour générer les fichiers dans le format requis.  Avec l'aide de R,  je peux générer un fichier myData.txt qui par la suite, sera incorporé dans [...]

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]

By |2017-04-30T22:04:09-04:0020 août 2015|Categories: Visualisation de données|Tags: , , |0 Commentaires

Identifier un point avec ggplot2

Comme nous tous, vous vous êtes laissé séduire par ggplot2. L'élégance des graphes, la facilité de grouper les données... Vous avez décidé de convertir tous vos graphes en graphes ggplot2 pour ensuite vous rendre compte, après tout vos efforts, que vous étiez incapable d'identifier un point d'intérêt facilement. En effet, la fonction identify (qui permet de cliquer sur un point d'un graphique pour récupérer ses coordonnées) ne fonctionne plus! Comment étiquetter facilement le point outlier alors? Heureusement, il y a [...]

By |2017-05-01T10:10:51-04:005 mars 2015|Categories: Bioinformatique, R, Visualisation de données|Tags: |0 Commentaires

Visualisation de données : quelques bonnes pratiques

Le dernier article de Sébastien présentait un cas de graphique particulièrement difficile à lire. En effet, un diagramme de Venn à quatre ensembles représente un bon exemple d'une représentation graphique qui a un peu mal tourné. Les bonnes pratiques en visualisation de données constituent un sujet très à la mode par les temps qui courent. Et pas seulement en sciences. Cela intéresse autant les journalistes que les analystes en intelligence d'affaires. La foule était d'ailleurs assez hétéroclite lors de la [...]

By |2017-04-29T17:23:28-04:0031 octobre 2014|Categories: Visualisation de données|0 Commentaires

Diagrammes de Venn: un cauchemar pour la visualisation de données

J'ai récemment lu un article introduisant un aligneur (read mapper) très inspirant pour les données de séquençage d'ARN (RNA-Seq).  Dans la présentation de leurs résultats, les auteurs ont voulu comparer le nombre de jonctions d'épissage détectées par quatre aligneurs différents; leur but étant de montrer le chevauchement entre leur méthode et les différentes méthodes existantes. Ils ont choisi de présenter ces données sous la forme d'un diagramme de Venn (voir la figure 1). Je suis resté plusieurs minutes à fixer cette [...]

By |2019-06-05T10:29:11-04:0020 octobre 2014|Categories: Bioinformatique, Statistiques, Visualisation de données|0 Commentaires