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bioinformatique@iric.ca

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About Geneviève

Mon parcours a débuté en biochimie, mais c ’est en bioinformatique que je m ’amuse depuis plusieurs années : que ce soit en analysant et visualisant des données en R, en construisant des outils web interactifs en javascript ou en explorant des algorithmes d ’apprentissage automatique en python.

Qu’est-ce qui est le plus rapide?

Bien souvent, nous faisons les choses par habitude. Lorsque nous devenons confortables, nous avons tendance à rester dans notre zone de confort et à toujours faire les choses de la même façon. C'est exactement la même chose en programmation. Jusqu'au jour où le doute nous frappe. Est-ce qu'il y aurait un moyen plus rapide d'effectuer cette tâche? Lorsque ce jour viendra (si la dite tâche est en Python), le module timeit pourra vous aider! Bien sûr, il existe d'autres moyens [...]

By |2017-05-01T10:27:06+00:002 avril 2014|Categories: Performance, Python|0 Commentaires
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lifelines (ou comment faire des analyses de survie en Python)

Depuis quelques semaines, je fais beaucoup d’analyse de survie. Je ne suis pas une experte dans ce domaine. J’ai appris la base en participant à un groupe d’étude organisé à l’interne. À chaque rencontre, nous approfondissions la matière du livre "Survival Analysis. A Self-Learning Text" de David G. Kleinbaum et Mitchel Klein. À la fin du livre, il y a du code pour aider les débutants à faire leurs premières analyses en SAS, Stata, SPSS et … R! J’ai donc [...]

By |2017-04-29T17:19:24+00:0024 mars 2014|Categories: Analyse de données, Python, Statistiques|Tags: |0 Commentaires
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Rprofile

Je crois que pour être un bon programmeur/bioinformaticien, il faut être un petit peu paresseux.  Il faut avoir en horreur les tâches manuelles et préférer que l'ordinateur fasse le travail.  Il faut savoir investir un peu de temps maintenant pour en profiter plus tard. Être paresseux nous rend parfois plus efficace et plus productif! Par exemple, si vous êtes fatigués de charger les mêmes modules manuellement à chaque fois que vous ouvrez une session R (ou fatigués de copier/coller les [...]

By |2016-11-08T09:30:19+00:0014 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires
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RStudio

Comme pour l'apprentissage de n'importe quel language (et langue), il peut être ardu de s'y mettre.  Il y a 10 ans, j'ai appris R à la console.  Aujourd’hui,  RStudio est là pour nous faciliter la vie.  C’est dans cet IDE que je code mon R. Cet environnement de développement construit spécialement pour R me permet en un coup d’oeil de voir mon script, la console et les graphes que je génère (la configuration des différents panneaux peut être personnalisée).   La [...]

By |2016-11-08T09:30:19+00:0010 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires
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Bienvenue!

Bienvenue sur notre blogue!  Nous avons très hâte de partager notre savoir, nos expériences, nos idées avec l’ensemble de la communauté web!  Mais d’abord, soyons formel.   Une présentation s’impose.  Nous sommes les bio-informaticiens de la plateforme de bio-informatique de l’IRIC.  Que faisons-nous?  Et bien, nous travaillons sur un ensemble très variés de projets.  En fait, la plateforme offre des services de développement algorithmiques et d’analyses personnalisés de données.  Elle subvient aux besoins de l’ensemble des laboratoires de l’institut en ce [...]

By |2017-04-29T17:16:24+00:001 mars 2014|Categories: Bioinformatique|0 Commentaires
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