About Jonathan

Le cadet de la plateforme. Je passe mes journées à perfectionner mes compétences en apprentissage machine, coder en Python et faire de l'escalade (sans ordre particulier).

Création de données génomiques synthétiques

L'application de méthodes statistiques forme une grande partie de la bio-informatique. En plus de méthodes classiques, certaines techniques d'apprentissage machine (notamment, des techniques de clustering telles k-means) sont aussi régulièrement appliquées sur des données cliniques et biologiques. Quelques-unes de ces techniques telles les réseaux de neurones ont récemment connu un grand succès en reconnaissance d'images et traitement du langage naturel. Malheureusement, ces techniques performent mal sur de petits jeux de données ayant un grand nombre de dimensions, un type de jeux de données fréquemment rencontré à la plateforme. L'introduction [...]

By |2017-04-29T23:02:12+00:007 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: , |0 Commentaires

Paramètres mutables par défaut en Python

Récemment, tout en débogant un morceau de code Python à la plateforme, nous sommes tombés sur une particularité du langage Python. Prenons cette fonction comme exemple : def foo(bar=[]):     bar.append('a') return bar Intuitivement, ce morceau de code peut sembler retourner la liste ['a'] à chaque appel de la fonction foo(). Mais ce n'est pas le cas: >>>foo() ['a'] >>>foo() ['a','a'] >>>foo() ['a','a','a'] Comme nous pouvons le constater, la liste n'est pas réinitialisée mais conserve plutôt ses valeurs auxquelles on ajoute un [...]

By |2017-05-01T09:55:20+00:007 août 2015|Categories: Python|0 Commentaires

Stockage de données côté client

La publication d'un outil via une application web le rend à la fois accessible et facile à maintenir. Il est donc naturel que plusieurs outils bioinformatiques soient dotés d'une interface web. Cependant, certaines considérations légales et de sécurité informatique doivent être prises en compte si l'on compte traiter certains types d'information (p.ex. médicales ou propriétaires). Dans de tels cas, il est préférable de stocker ces informations localement dans le navigateur de l'utilisateur. Il existe une multitude de technologies de stockage local, ce qui peut rendre [...]

By |2016-11-08T09:30:15+00:0028 janvier 2015|Categories: Non classifié(e)|0 Commentaires
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