IRIC's Bioinformatics Platform

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]

By Caroline|2017-04-30T22:04:09+00:0020 août 2015|Categories: Visualisation de données|Tags: biologie, Circos, génomique|0 Commentaires

Paramètres mutables par défaut en Python

Récemment, tout en débogant un morceau de code Python à la plateforme, nous sommes tombés sur une particularité du langage Python. Prenons cette fonction comme exemple : def foo(bar=[]): bar.append('a') return bar Intuitivement, ce morceau de code peut sembler retourner la liste ['a'] à chaque appel de la fonction foo(). Mais ce n'est pas le cas: >>>foo() ['a'] >>>foo() ['a','a'] >>>foo() ['a','a','a'] Comme nous pouvons le constater, la liste n'est pas réinitialisée mais conserve plutôt ses valeurs auxquelles on ajoute un [...]

By Jonathan|2017-05-01T09:55:20+00:007 août 2015|Categories: Python|0 Commentaires

Faites travailler vos CPUs !

Si vous êtes comme moi, vous avez sûrement réalisé que, par défaut, les scripts python que l'on écrit n'utilisent qu'une portion de la puissance computationnelle à notre disposition.. Vous vous êtes sûrement dit: J'ai pourtant payé une somme rondelette pour un CPU à 4 coeurs ! Mais qu'est-ce qui se passe ? Bien que la plupart des CPUs modernes comportent plusieurs coeurs, le code que l'on écrit doit aussi être formatté adéquatement afin d'en tirer pleinement avantage. Alors explorons ensemble [...]

By Jean-Philippe|2017-04-12T12:00:21+00:0012 juillet 2015|Categories: Performance, Python|Tags: multiprocessing|0 Commentaires

Introduction à un outil d’analyse statique (linter) utile pour les débutants et améliorer ces compétences en programmation

- C'est quoi l'analyse statique ? L'analyse statique permet d'obtenir des informations sur le comportement de votre code lors de son exécution sans l'exécuter. Contrairement à l'analyse dynamique (comme le débogage) qui demande l’exécution du programme. - Ok, mais à quoi ça sert concrètement ? À gagner du temps, en supprimant les cycles de sauvegarde/exécution à cause d'erreurs syntaxiques (oublie d'un ";", variable ou fonction non déclarée, erreur de frappe,...). Corriger ces erreurs lors du débogage, vous demandera d'éditer, sauvegarder, [...]

By Éric|2021-09-23T15:44:56+00:008 mai 2015|Categories: Performance, Python, R|Tags: Dev, Linter|0 Commentaires

Identifier un point avec ggplot2

Comme nous tous, vous vous êtes laissé séduire par ggplot2. L'élégance des graphes, la facilité de grouper les données... Vous avez décidé de convertir tous vos graphes en graphes ggplot2 pour ensuite vous rendre compte, après tout vos efforts, que vous étiez incapable d'identifier un point d'intérêt facilement. En effet, la fonction identify (qui permet de cliquer sur un point d'un graphique pour récupérer ses coordonnées) ne fonctionne plus! Comment étiquetter facilement le point outlier alors? Heureusement, il y a [...]

By Patrick|2017-05-01T10:10:51+00:005 mars 2015|Categories: Bioinformatique, R, Visualisation de données|Tags: ggplot2|0 Commentaires