IRIC's Bioinformatics Platform

Bonnes ressources pour apprendre R

Comme ce sont les vacances d'été, pourquoi ne pas en profiter pour apprendre un peu de R. Il existe d'innombrables ressources gratuites en ligne. Pour qui veut apprendre, il suffit d'y mettre le temps. Vidéos Coursera est un incontournable dans le domaine de l'apprentissage en ligne. Il existe quelques bons cours sur R sous forme de vidéo qui traitent aussi plus ou moins de génomique : https://www.coursera.org/learn/r-programming https://www.coursera.org/learn/exploratory-data-analysis https://www.coursera.org/learn/bioconductor (Bioconductor est un répertoire de modules R pour la biologie). Livres [...]

By Geneviève|2017-04-29T16:57:04+00:0011 juillet 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: débutant|0 Commentaires

SciPy et les régressions logistiques

Il arrive souvent que l'on veuille voir s'il existe une une relation quelconque entre les points d'un jeu de données. Lorsqu'il est question de régressions linéaires, celles-ci peuvent être facilement visualisées avec Seaborn, une librairie Python visant l'exploration et la visualisation plutôt que l'analyse statistique. Quant aux régressions logistiques, SciPy est un bon outil à utiliser lorsque nous n'avons pas notre propre script d'analyse. Regardons le paquet optimisation 'optimize' from [...]

By Caroline|2017-04-29T16:58:18+00:009 juin 2016|Categories: Analyse de données, Python|Tags: ajustement de courbe, criblage, Python, scipy|0 Commentaires

Réalise ton potentiel Bash

Le meilleur outil du bio-informaticien est sans doute son interpréteur. Bien que plusieurs l'aient déjà dompté, il arrive souvent à certains débutants de se retrouver à répéter péniblement certaines séquences lorsqu'il existe une solution plus rapide (il m'arrive encore de me retrouver dans la même situation!). Jetons un coup d'oeil aux commandes et raccourcis de l'interpréteur de commandes Bash les plus utilisées. Cette liste ne tente aucunement d'énumérer toutes les fonctionalités de Bash mais plutôt de regrouper certains raccourcis clef qui pourront possiblement économiser un [...]

By Jonathan|2017-04-29T22:56:21+00:0026 mai 2016|Categories: Informatique, Scripts|0 Commentaires

Apprentissage automatique en sciences de la vie

L'apprentissage automatique est de plus en plus populaire parmi les bio-informaticiens et les biologistes. Ces algorithmes ont montré qu'ils pouvaient donner des résultats très intéressants et sont de plus en plus accessibles. Ce type de modèle peut désormais être appliqué facilement à un ensemble de données en utilisant des librairies en R ou en Python. Par exemple, la librairie Python, Scikit-learn, implémente plusieurs des algorithmes les plus connus tels que les modèles de régression, la forêt d'arbres décisionnels (Random Forest), [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:05+00:0018 mai 2016|Categories: Apprentissage automatique|0 Commentaires

Le(s) langage(s) en bio-informatique

La question que l'on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j'ai participé : Quel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ? Comprenez-moi bien, dans un pub autour d'une bière, cette discussion entre membres de l'intelligentsia nerd est des plus divertissantes... mais l'illumination survit rarement jusqu'au lendemain. Ceci dit, j'aimerais partager ici la réponse que j'ai affinée au fil des ans. Elle est basée sur le développement de [...]

By Sébastien|2017-04-29T16:59:12+00:0018 avril 2016|Categories: Bioinformatique|Tags: débutant|0 Commentaires