débutant

R ou Python, à vous de choisir!

Mise à jour 27/08/2018 J'ai déjà introduit la librairie Python pandas en comparant certaines de ses fonctions à leurs fonctions équivalentes en R. Pandas est une librairie qui rend Python beaucoup plus facile à utiliser pour faire de l'exploration et de la visualisation de données (presque autant que R). La librairie permet de manipuler des dataframes très facilement (elle est construite par-dessus numpy). Elle a beaucoup évolué ces dernières années et la communauté d'utilisateurs a aussi beaucoup grossie. R offre [...]

By |2018-08-28T10:20:03+00:0026 juin 2017|Categories: Analyse de données, Python, R|Tags: , |0 Commentaires

Bonnes ressources pour apprendre R

Comme ce sont les vacances d'été, pourquoi ne pas en profiter pour apprendre un peu de R. Il existe d'innombrables ressources gratuites en ligne. Pour qui veut apprendre, il suffit d'y mettre le temps. Vidéos Coursera est un incontournable dans le domaine de l'apprentissage en ligne. Il existe quelques bons cours sur R sous forme de vidéo qui traitent aussi plus ou moins de génomique : https://www.coursera.org/learn/r-programming https://www.coursera.org/learn/exploratory-data-analysis https://www.coursera.org/learn/bioconductor (Bioconductor est un répertoire de modules R pour la biologie). Livres [...]

By |2017-04-29T16:57:04+00:0011 juillet 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |0 Commentaires

Le(s) langage(s) en bio-informatique

La question que l'on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j'ai participé : Quel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ? Comprenez-moi bien, dans un pub autour d'une bière, cette discussion entre membres de l'intelligentsia nerd est des plus divertissantes... mais l'illumination survit rarement jusqu'au lendemain. Ceci dit, j'aimerais partager ici la réponse que j'ai affinée au fil des ans. Elle est basée sur le développement de [...]

By |2017-04-29T16:59:12+00:0018 avril 2016|Categories: Bioinformatique|Tags: |0 Commentaires

R pour les débutants: fonctions qui nous rendent plus la vie facile

Explorons mon top 10 des fonctions et trucs intéressants qui nous facilitent la vie lors de la manipulation de données dans R. Séquences Vous voulez créer de longues séquences de nombres ou de lettres sans les écrire au long manuellement? R vous permet de le faire avec l'opérateur ":".  Vous pouvez aussi utiliser seq() si vous cherchez à créer une séquence qui n'est pas incrémentée de 1. Finalement, letters[] vous permet de créer des séquences continues de lettres en ordre alphabétique [...]

By |2017-04-29T17:07:00+00:0028 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |0 Commentaires

Lecture de tableaux: charger des données dans R sans soucis

La première chose que j'ai appris à faire dans R est de charger un tableau de données. D'habitude, l'aventure R commence avec l'aide d'une personne plus expérimentée qui vous montre comment charger vos données dans le logiciel. Typiquement, la commande requise s'apparente à : data<-read.table("~/dossier/datafile.txt") Vous allez sûrement ajouter plusieurs autres paramètres aux parenthèses, tels que "row.names=0" ou "header=TRUE" ou, "sep="\t"", pour s'assurer que le fichier est lu correctement. Cette manière de fonctionner est parfaitement correcte pour de petits jeux de [...]

By |2017-04-29T17:15:34+00:005 février 2015|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |2 Comments