Biologie – IRIC's Bioinformatics Platform

Pensez comme un ordinateur

Supposons que tous vos résultats pour un projet donné sont conservés dans des fichiers Excel nommés exp1.xlsx, exp2_20170708.xlsx, exp_prolif_072017.xlsx, et ainsi de suite. Supposons aussi que le contenu du fichier exp1.xlsx ressemble à ceci : Ce fichier est très convivial pour un humain, mais pas pour un ordinateur. Disons qu'un jour, vous décidez (ou votre patron décide) que vous avez besoin d'une base de données pour organiser vos résultats plutôt que de les conserver dans vingt-six fichiers Excel différents. Si [...]

By Geneviève|2018-02-08T13:33:20+00:006 février 2018|Categories: Bioinformatique, Biologie|1 commentaire

Régression logistique et GTEx

Lorsqu'on travaille avec toutes sortes de données, il arrive parfois que nous voulons prédire la valeur d'une variable qui n'est pas numérique. Dans ces cas-là, la régression logistique est tout à fait appropriée. On peut dire qu'elle est s'apparente à une régression linéaire sauf que la variable dépendante est une catégorie. Vous vous souvenez de la fonction de la régression linéaire où l'on essaie d'estimer les paramètres beta (les coefficients) qui s'ajustent le mieux la droite à nos données: \begin{equation} [...]

By Geneviève|2017-04-29T17:40:02+00:0027 janvier 2017|Categories: Biologie, Python|Tags: ajustement de courbe, apprentissage automatique, expression de gènes, Python|0 Commentaires

Trafiquer le test exact de Fisher pour les besoins du biologiste

Le test exact de Fisher est largement utilisé en bioinformatique. Il est d'ailleurs à la base d'un grand nombre d'outils recherchant des enrichissements pour des ensembles de gènes ou des voies biologiques. Je n'introduirai pas le test en tant que tel dans cet article car plusieurs l'ont déjà fait (commencez ici!). Je vais plutôt me concentrer sur l'incompatibilité qui existe parfois entre ce que calcule le test et ce qui est requis par les biologistes. Dans le test exact de [...]

By Sébastien|2014-12-08T15:49:54+00:008 décembre 2014|Categories: Bioinformatique, Biologie, Statistiques|Tags: Statistiques|0 Commentaires

Les symboles de gènes, un défi

Un jour, c'est presque certain, vous aurez entre les mains une liste de noms de gènes désuets. Vous vous direz sûrement que les mettre à jour est une tâche facile. En apparences, peut-être! Parce qu'il y a le mot "bio" dans bioinformaticien, je dirais que mettre à jour les symboles de gènes me rappelle le cycle futile. Selon la définition de Wikipedia (dont voici ma traduction libre), un cycle futile se produit quand deux voies métaboliques sont actives simultanément mais avec deux [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:17+00:0029 septembre 2014|Categories: Bioinformatique, Biologie|0 Commentaires