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Une tâche, trois façons

Il y a habituellement plus d'une façon d'accomplir une tâche donnée. Certaines sont meilleures que d'autres, plusieurs sont équivalentes. Décider laquelle utiliser dépend bien souvent du temps de calcul, de la facilité d'utilisation et/ou de nos préférences et compétences personnelles. Supposons que j'aie une matrice contenant des milliers de positions pour un chromosome donné avec les colonnes suivantes : Nom_de_l'élément, Début, Fin. Toutes les positions se rapportent à un même chromosome et la taille des éléments est variable. Pour une [...]

By Geneviève|2017-05-01T10:17:05+00:0015 janvier 2015|Categories: Bioinformatique, R|0 Commentaires

Apprends-moi l’art du boxplot!

Les boxplots ou diagramme de quartiles sont partout! Les éditeurs aiment les diagrammes de quartiles. Mais demandez à quelques personnes et la plupart ne pourront même pas vous expliquer ce que représente cet amas de lignes! Récemment, j'ai voulu examiner l'expression génique entre deux échantillons pour un certain gène. Le graphique standard pour ceci est bien sûr ***roulement de tambour***... Le boxplot! Fait intéressant #1: Saviez-vous que les diagrammes de quartiles sont également appelés "boîte moustache"*? Et si on les [...]

By Assya|2016-11-08T09:30:17+00:0021 septembre 2014|Categories: R, Statistiques, Visualisation de données|1 commentaire

RStudio et le contrôle de versions

Un système de contrôle de versions est simplement une façon de suivre les modifications effectuées dans un fichier au fil du temps. Je parie que vous utilisez déjà un système de contrôle de versions sans même le savoir! Lorsque vous faites une copie d'un script avant de le modifier et que vous le renommez v2 par exemple, vous utilisez un système de contrôle de versions. Quoique fonctionnel, votre système manuel peut bien vite s'avérer pénible à gérer. C'est pourquoi ça [...]

By Geneviève|2017-05-01T10:29:27+00:0010 juin 2014|Categories: R|Tags: gestion de versions, Git, RStudio|0 Commentaires

Rprofile

Je crois que pour être un bon programmeur/bioinformaticien, il faut être un petit peu paresseux. Il faut avoir en horreur les tâches manuelles et préférer que l'ordinateur fasse le travail. Il faut savoir investir un peu de temps maintenant pour en profiter plus tard. Être paresseux nous rend parfois plus efficace et plus productif! Par exemple, si vous êtes fatigués de charger les mêmes modules manuellement à chaque fois que vous ouvrez une session R (ou fatigués de copier/coller les [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:19+00:0014 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires

RStudio

Comme pour l'apprentissage de n'importe quel language (et langue), il peut être ardu de s'y mettre. Il y a 10 ans, j'ai appris R à la console. Aujourd’hui, RStudio est là pour nous faciliter la vie. C’est dans cet IDE que je code mon R. Cet environnement de développement construit spécialement pour R me permet en un coup d’oeil de voir mon script, la console et les graphes que je génère (la configuration des différents panneaux peut être personnalisée). La [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:19+00:0010 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires