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About Assya

Une biochimiste devenue bioinformaticienne en herbe (maîtrise en cours), j'aime les statistiques, les programmes efficaces et le café.

Tutoriels de réduction de dimensionalité: 1- Analyse de composantes principales

Comprendre la réduction de dimensionalité Si vous utilisez de larges jeux de données (transcriptomes, séquençage de génome, protéomes), tôt ou tard, vous tomberez sur quelque chose qui porte le nom "d'analyse de composantes principales" (Principal Components Analysis, en anglais, abrévié PCA). PCA est une méthode de réduction de dimensionalité, une famille large de méthodes qui font exactement ce que leur nom dit: elles réduisent la dimensionalité. Mais qu'est-ce que ça veut dire? Qu'est-ce qu'une dimension et pourquoi on voudrait les [...]

R pour les débutants: fonctions qui nous rendent plus la vie facile

Explorons mon top 10 des fonctions et trucs intéressants qui nous facilitent la vie lors de la manipulation de données dans R. Séquences Vous voulez créer de longues séquences de nombres ou de lettres sans les écrire au long manuellement? R vous permet de le faire avec l'opérateur ":".  Vous pouvez aussi utiliser seq() si vous cherchez à créer une séquence qui n'est pas incrémentée de 1. Finalement, letters[] vous permet de créer des séquences continues de lettres en ordre alphabétique [...]

By |2017-04-29T17:07:00-05:0028 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |0 Commentaires

Lecture de tableaux: charger des données dans R sans soucis

La première chose que j'ai appris à faire dans R est de charger un tableau de données. D'habitude, l'aventure R commence avec l'aide d'une personne plus expérimentée qui vous montre comment charger vos données dans le logiciel. Typiquement, la commande requise s'apparente à : data<-read.table("~/dossier/datafile.txt") Vous allez sûrement ajouter plusieurs autres paramètres aux parenthèses, tels que "row.names=0" ou "header=TRUE" ou, "sep="\t"", pour s'assurer que le fichier est lu correctement. Cette manière de fonctionner est parfaitement correcte pour de petits jeux de [...]

By |2017-04-29T17:15:34-05:005 février 2015|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |2 Comments

Apprends-moi l’art du boxplot!

Les boxplots ou diagramme de quartiles sont partout! Les éditeurs aiment les diagrammes de quartiles. Mais demandez à quelques personnes et la plupart ne pourront même pas vous expliquer ce que représente cet amas de lignes! Récemment, j'ai voulu examiner l'expression génique entre deux échantillons pour un certain gène. Le graphique standard pour ceci est bien sûr  ***roulement de tambour***... Le boxplot! Fait intéressant #1: Saviez-vous que les diagrammes de quartiles sont également appelés "boîte moustache"*? Et si on les [...]

By |2016-11-08T09:30:17-05:0021 septembre 2014|Categories: R, Statistiques, Visualisation de données|0 Commentaires