biologie – IRIC's Bioinformatics Platform

Filtrer des SNPs à l’aide de pyGeno

En parcourant le contenu de notre blogue en plein croissance (beau travail, collègues !), je me rends compte qu'aucun de nous n'a encore publié un article en rapport avec la fantastique ressource bioinformatique qu'est pyGeno (qui plus est, un logiciel maison). Il se trouve qu'en plus d'être mon tour de publier un article, je dois justement faire usage de pyGeno afin de générer un jeu de données, quelle merveilleuse coïncidence ! Je concentrerai cet article sur l'écriture d'un SNP filter, [...]

Dessine-moi un Circos

Comme ce serait joli dans ma publication! Effectivement! Et très informatif aussi! Une image Circos peut être utilisée autant pour de l’analyse de données exploratoire que comme figure descriptive dans une publication scientifique. Dans ces deux cas, ce genre de représentation est très utile pour visualiser un ensemble de données génomiques plusieurs chromosomes à la fois. Cependant, aussi merveilleuse et excitante qu’est l’idée du Circos , pour un grand nombre de chercheurs la conception d’une telle image ne se fait [...]