Bioinformatique

Flux de données et programmation réactive

Qu'est-ce que tout cela ? ReactiveX est la combinaison des meilleures idées du modèle observateur, du modèle itérateur et de la programmation fonctionnelle. À l'aide des librairies Rx, vous pouvez aisément: - Créer des flux de données ou d'évènements à partir de sources diverses comme des fichiers ou des services web - Fusionner ou transformer ces flux grâce à divers opérateurs - Souscrire aux flux et "réagir" à leurs émissions pour produire de nouvelles données L'intérêt pour la programmation réactive [...]

Filtrer des SNPs à l’aide de pyGeno

En parcourant le contenu de notre blogue en plein croissance (beau travail, collègues !), je me rends compte qu'aucun de nous n'a encore publié un article en rapport avec la fantastique ressource bioinformatique qu'est pyGeno (qui plus est, un logiciel maison). Il se trouve qu'en plus d'être mon tour de publier un article, je dois justement faire usage de pyGeno afin de générer un jeu de données, quelle merveilleuse coïncidence ! Je concentrerai cet article sur l'écriture d'un SNP filter, [...]

By | 2017-04-29T17:55:25+00:00 9 décembre 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: , |0 Commentaires

Introduction à la bio-informatique dans un conteneur

Une récente tendance issue de l’informatique nuagique semble intéresser de plus en plus la communauté bio-informatique. Cette tendance est de développer et de déployer une application dans un conteneur. Ce conteneur contient non seulement l’application mais les librairies nécessaires et une version minimaliste des applications du système d’exploitation. Une fois le conteneur construit, il est immédiatement prêt à être utilisé sur un ordinateur hôte qui contient l’environnent requis pour démarrer le conteneur. Pour un développeur, ceci est très intéressant puisque [...]

By | 2017-04-29T22:53:42+00:00 21 juillet 2016|Categories: Bioinformatique|Tags: , |0 Commentaires

Bonnes ressources pour apprendre R

Comme ce sont les vacances d'été, pourquoi ne pas en profiter pour apprendre un peu de R. Il existe d'innombrables ressources gratuites en ligne. Pour qui veut apprendre, il suffit d'y mettre le temps. Vidéos Coursera est un incontournable dans le domaine de l'apprentissage en ligne. Il existe quelques bons cours sur R sous forme de vidéo qui traitent aussi plus ou moins de génomique : https://www.coursera.org/learn/r-programming https://www.coursera.org/learn/exploratory-data-analysis https://www.coursera.org/learn/bioconductor (Bioconductor est un répertoire de modules R pour la biologie). Livres [...]

By | 2017-04-29T16:57:04+00:00 11 juillet 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: |0 Commentaires

Le(s) langage(s) en bio-informatique

La question que l'on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j'ai participé : Quel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ? Comprenez-moi bien, dans un pub autour d'une bière, cette discussion entre membres de l'intelligentsia nerd est des plus divertissantes... mais l'illumination survit rarement jusqu'au lendemain. Ceci dit, j'aimerais partager ici la réponse que j'ai affinée au fil des ans. Elle est basée sur le développement de [...]

By | 2017-04-29T16:59:12+00:00 18 avril 2016|Categories: Bioinformatique|Tags: |0 Commentaires