IRIC's Bioinformatics Platform

Filtrer des SNPs à l’aide de pyGeno

En parcourant le contenu de notre blogue en plein croissance (beau travail, collègues !), je me rends compte qu'aucun de nous n'a encore publié un article en rapport avec la fantastique ressource bioinformatique qu'est pyGeno (qui plus est, un logiciel maison). Il se trouve qu'en plus d'être mon tour de publier un article, je dois justement faire usage de pyGeno afin de générer un jeu de données, quelle merveilleuse coïncidence ! Je concentrerai cet article sur l'écriture d'un SNP filter, [...]

By Jean-Philippe|2017-04-29T17:55:25+00:009 décembre 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: biologie, génomique|0 Commentaires

Introduction à cowplot, pour combiner plusieurs plots avec R

Bonjour à tous, aujourd'hui, nous allons voir une extension de la librairie ggplot2: cowplot Some helpful extensions and modifications to the 'ggplot2' package. In particular, this package makes it easy to combine multiple 'ggplot2' plots into one and label them with letters, e.g. A, B, C, etc., as is often required for scientific publications. Comme on peut le lire dans la description, cette librairie permet de créer des figures avec plusieurs graphiques (plots), mais pas uniquement. Il est aussi possible de [...]

By Éric|2017-04-29T16:31:26+00:0028 novembre 2016|Categories: R, Visualisation de données|0 Commentaires

Pivoter des tables: du format long à large

En tant que bio-informaticiens, nous avons souvent à manipuler des données qui ne sont pas organisées comme nous le voudrions. Un cas souvent rencontré est l'obtention de données qui se trouvent dans un format "long" au lieu de les avoir dans le format plus habituel, "large". Pour ceux qui sont familiers avec la librairie ggplot du langage R, vous connaissez très bien le format "long". C'est le format requis par ggplot pour lui permettre de produire ses élégants graphiques. En [...]

By Geneviève|2017-04-29T18:22:08+00:0014 novembre 2016|Categories: Analyse de données, Python, R|Tags: manipulation de données|0 Commentaires

Réseau de neurones « Siamois » avec Mariana 1.0

Mariana fut introduit précédemment sur ce blog en mai par Geneviève dans son article Apprentissage automatique en sciences de la vie. Présentement à la version 1.0rc3 sur github, le lancement de la version 1.0 stable de Mariana approche maintenant à grands pas. Cette nouvelle version représente un remaniement de code important et ajoute plusieurs nouvelles fonctionnalités (une liste complète des changements incorporés dans la version 1.0 est disponible ici). Je profite de cette occasion pour présenter une petite capsule sur l'extension des fonctionnalités de [...]

By Jonathan|2017-04-29T16:53:00+00:007 novembre 2016|Categories: Apprentissage automatique, Python|Tags: analyse de données, informatique, mariana|0 Commentaires

Transferts réseau rapides?

Récemment, tout le monde s'est mis à utiliser différents outils dans le but d'optimiser de gros transferts de données de, vers et entre super-ordinateurs. Historiquement, nous avons vu des outils tels que FDT, BBCP qui essayaient de surpasser la performance obtenue par les autres méthodes de transfert classique, comme scp, rsync, ftp, etc. Un outil en particulier est en train de gagner en popularité et est déployé sur la plupart des super-ordinateurs : GridFTP et son interface, Globus. L'interface [...]

By Patrick|2017-04-29T17:02:01+00:0012 octobre 2016|Categories: Informatique, Performance|Tags: manipulation de fichiers, test|0 Commentaires