Informatique – IRIC's Bioinformatics Platform

Un exemple utilisant multiprocessing et plus

Récemment, j'ai eu à chercher une structure chimique donnée dans une liste de structures. En utilisant les librairies python de chimie informatique pybel et rdkit, je suis facilement arrivée à faire cette recherche, mais celle-ci prenait beaucup trop de temps à mon goût. En me demandant comment l'accélérer, je me suis souvenue de l'article de blog de Jean-Philippe intitulé "Faites travailler vos CPUs !". J'ai donc décidé de suivre ses instructions et de faire travailler mes CPUs! But Trouver une [...]

By Geneviève|2017-12-11T12:56:26+00:0011 décembre 2017|Categories: Bioinformatique, Informatique, Performance|0 Commentaires

Laissez-le errer… Libérer votre code !

Aujourd'hui, j'ai pensé faire quelque chose de légèrement différent et discuter un peu sur les attentes que l'on peut avoir à rendre son code public. Je me suis dit qu'il serait intéressant d'interviewer un membre de notre groupe qui possède une solide expérience dans ce type d'activité, Tariq Daouda, afin de tirer profit de ses expériences passées. Alors, sans plus attendre, on se jette à l'eau ! JP: Bonjour Tariq, je suis bien content que tu aies accepté cette invitation. [...]

By Jean-Philippe|2017-10-20T13:23:27+00:0016 octobre 2017|Categories: Informatique|Tags: GitHub, licences publiques|0 Commentaires

Une semaine d’apprentissage profond

Du 21 au 25 août se tenait la toute première édition de l'École d'été francophone en apprentissage profond donnée par IVADO et le MILA. Le but de cette semaine était de "[donner aux] participants les bases théoriques et pratiques nécessaires à comprendre le domaine [de l'apprentissage profond] ". Quelques membres de la plateforme et moi-même avons participé à ces cinq jours de formation. Je dois être bien honnête, l'apprentissage profond me faisait un peu peur les premières fois que j'ai [...]

By Caroline|2017-09-22T13:45:58+00:0022 septembre 2017|Categories: Apprentissage automatique, Informatique|0 Commentaires

Flux de données et programmation réactive

Qu'est-ce que tout cela ? ReactiveX est la combinaison des meilleures idées du modèle observateur, du modèle itérateur et de la programmation fonctionnelle. À l'aide des librairies Rx, vous pouvez aisément: - Créer des flux de données ou d'évènements à partir de sources diverses comme des fichiers ou des services web - Fusionner ou transformer ces flux grâce à divers opérateurs - Souscrire aux flux et "réagir" à leurs émissions pour produire de nouvelles données L'intérêt pour la programmation réactive [...]

By Jean-Philippe|2017-05-03T09:21:41+00:002 mai 2017|Categories: Analyse de données, Bioinformatique, Informatique|Tags: Programmation réactive, RxPY|0 Commentaires