Statistiques – Page 3 – IRIC's Bioinformatics Platform

Dois-je calculer une « p-value »?

Le besoin d'appliquer des statistiques appropriées en génomique a été bien documenté. Plusieurs approches statistiques astucieuses ont été mises au point et de nombreux logiciels ont été développés (certains gratuits et très performants). Malgré tout, je reçois fréquemment la visite d'un étudiant ou chercheur qui se demande s'il doit rapporter la magnitude d'un effet (ex. le gène X est sur-exprimé 4.5 fois dans la condition A vs B) ou le niveau de signification statistique de cette magnitude (ex. le gène X est [...]

By Sébastien|2016-11-08T09:30:16+00:0014 octobre 2014|Categories: Statistiques|0 Commentaires

Apprends-moi l’art du boxplot!

Les boxplots ou diagramme de quartiles sont partout! Les éditeurs aiment les diagrammes de quartiles. Mais demandez à quelques personnes et la plupart ne pourront même pas vous expliquer ce que représente cet amas de lignes! Récemment, j'ai voulu examiner l'expression génique entre deux échantillons pour un certain gène. Le graphique standard pour ceci est bien sûr ***roulement de tambour***... Le boxplot! Fait intéressant #1: Saviez-vous que les diagrammes de quartiles sont également appelés "boîte moustache"*? Et si on les [...]

By Assya|2016-11-08T09:30:17+00:0021 septembre 2014|Categories: R, Statistiques, Visualisation de données|1 commentaire

Enrichissements et test exact de Fisher

En travaillant sur un ensemble de données AML (leucémie aiguë myéloïde), je suis tombé sur un gène X. Lorsque son expression est haute, une mutation dans le gène Y est présente dans 50% des échantillons (cette mutation n'étant présente que dans 20% de l'ensemble de données). Y aurait-il un lien entre ces deux observations? Et si on y mettait des chiffres: des 131 échantillons de l'ensemble de données, 28 ont une mutation dans le gène Y, 6 expriment hautement le [...]

By Sébastien|2016-11-08T09:30:17+00:0012 septembre 2014|Categories: Bioinformatique, Statistiques|0 Commentaires

lifelines (ou comment faire des analyses de survie en Python)

Depuis quelques semaines, je fais beaucoup d’analyse de survie. Je ne suis pas une experte dans ce domaine. J’ai appris la base en participant à un groupe d’étude organisé à l’interne. À chaque rencontre, nous approfondissions la matière du livre "Survival Analysis. A Self-Learning Text" de David G. Kleinbaum et Mitchel Klein. À la fin du livre, il y a du code pour aider les débutants à faire leurs premières analyses en SAS, Stata, SPSS et … R! J’ai donc [...]

By Geneviève|2017-04-29T17:19:24+00:0024 mars 2014|Categories: Analyse de données, Python, Statistiques|Tags: Analyse de survie|0 Commentaires