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Traitement parallèle facile avec R

Poursuivant sur ma lancée d'exploration de code à haute performance, regardons aujourd'hui comment ajouter du traitement parallèle dans vos scripts R. Bien que plusieurs options existent pour paralléliser le traitement de vos données, concentrons nous sur quelque chose de très facile à mettre en place pour commencer. Il y a quelques temps, j'ai eu à écrire un script ayant pour but de rouler un grand nombre de regressions logistiques (à l'aide du package glm) dans un effort de modélisation de [...]

By Jean-Philippe|2016-03-14T16:22:33+00:0014 mars 2016|Categories: Performance, R|Tags: multiprocessing|0 Commentaires

Qu ’est-ce qui est le plus rapide? Version R

Quand j'ai commencé à utiliser R, il y a une dizaine d'années, la communauté d'utilisateurs était beaucoup plus petite! Il n'y avait pas de sites comme R-bloggers pour s'inspirer ni de ggplot2 pour faire de beaux graphiques. Et c'était les débuts d'une implémentation alternative de R (autre que celle de CRAN) connue sous le nom de Revolution R de la compagnie Revolution Analytics. Revolution R tentait surtout de séduire les compagnies en offrant un R plus performant et plus rapide. [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:07+00:0012 février 2016|Categories: Performance, R|0 Commentaires

R pour les débutants: fonctions qui nous rendent plus la vie facile

Explorons mon top 10 des fonctions et trucs intéressants qui nous facilitent la vie lors de la manipulation de données dans R. Séquences Vous voulez créer de longues séquences de nombres ou de lettres sans les écrire au long manuellement? R vous permet de le faire avec l'opérateur ":". Vous pouvez aussi utiliser seq() si vous cherchez à créer une séquence qui n'est pas incrémentée de 1. Finalement, letters[] vous permet de créer des séquences continues de lettres en ordre alphabétique [...]

By Assya|2017-04-29T17:07:00+00:0028 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: débutant|0 Commentaires

Effectuer une PCA sur les données de Leucégène

GEO est une source extrêmement riche de données de profils transcriptionnels, mais télécharger et préparer ces données constituent bien souvent un obstacle pour les apprentis bioinformaticiens. La démonstration qui suit devrait faciliter vos premiers pas, j'utiliserai le jeu de données de Leucégène. Une fois ces données chargées et prêtes à être utilisées dans R, je présenterai une perspective simplifiée mais pratique de l'utilisation de la PCA (Principal Component Analysis) pour faire de l'analyse exploratoire d'un ensemble de profiles transcriptionnels. Chargement des données [...]

By Sébastien|2017-04-29T23:05:37+00:0016 novembre 2015|Categories: Analyse de données, R|Tags: expression de gènes, PCA|0 Commentaires

Mise en forme de fichiers de données pour Circos avec R

Lorsqu'il est question de générer une image Circos, la mise en forme des données est une des étapes les plus importantes. Voici quelques points clés pouvant vous aider à éviter le redoutable ***CIRCOS ERROR***. Tous les fichiers de données doivent être en format texte, c'est-à-dire avoir une extension .txt et utiliser une tabulation comme séparateur. R s'avère très utile pour générer les fichiers dans le format requis. Avec l'aide de R, je peux générer un fichier myData.txt qui par la suite, sera incorporé dans [...]

By Caroline|2017-04-29T17:10:22+00:0031 octobre 2015|Categories: R, Visualisation de données|Tags: analyse de données, Circos, manipulation de données|0 Commentaires