Apprentissage automatique

L’algorithme de descente de gradient

L'algorithme de descente de gradient est un algorithme itératif ayant comme but de trouver les valeurs optimales des paramètres d'une fonction donnée. Il tente d'ajuster ces paramètres afin de minimiser la sortie d'une fonction de coût face à un certain jeux de données. Cet algorithme est souvent utilisé en apprentissage machine dans le cadre de régressions non linéaires puisqu'il permet de rapidement trouver une solution approximative à des problèmes très complexes. Mon dernier article, Introduction à la régression linéaire, fait mention [...]

Tutoriels de réduction de dimensionalité: 1- Analyse de composantes principales

Comprendre la réduction de dimensionalité Si vous utilisez de larges jeux de données (transcriptomes, séquençage de génome, protéomes), tôt ou tard, vous tomberez sur quelque chose qui porte le nom "d'analyse de composantes principales" (Principal Components Analysis, en anglais, abrévié PCA). PCA est une méthode de réduction de dimensionalité, une famille large de méthodes qui font exactement ce que leur nom dit: elles réduisent la dimensionalité. Mais qu'est-ce que ça veut dire? Qu'est-ce qu'une dimension et pourquoi on voudrait les [...]

Réseau de neurones « Siamois » avec Mariana 1.0

Mariana fut introduit précédemment sur ce blog en mai par Geneviève dans son article Apprentissage automatique en sciences de la vie. Présentement à la version 1.0rc3 sur github, le lancement de la version 1.0 stable de Mariana approche maintenant à grands pas. Cette nouvelle version représente un remaniement de code important et ajoute plusieurs nouvelles fonctionnalités (une liste complète des changements incorporés dans la version 1.0 est disponible ici). Je profite de cette occasion pour présenter une petite capsule sur l'extension des fonctionnalités de [...]

By | 2017-04-29T16:53:00+00:00 7 novembre 2016|Categories: Apprentissage automatique, Python|Tags: , , |0 Commentaires

Apprentissage automatique en sciences de la vie

L'apprentissage automatique est de plus en plus populaire parmi les bio-informaticiens et les biologistes. Ces algorithmes ont montré qu'ils pouvaient donner des résultats très intéressants et sont de plus en plus accessibles. Ce type de modèle peut désormais être appliqué facilement à un ensemble de données en utilisant des librairies en R ou en Python. Par exemple, la librairie Python, Scikit-learn, implémente plusieurs des algorithmes les plus connus tels que les modèles de régression, la forêt d'arbres décisionnels (Random Forest), [...]

By | 2016-11-08T09:30:05+00:00 18 mai 2016|Categories: Apprentissage automatique|0 Commentaires