Rprofile

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Je crois que pour être un bon programmeur/bioinformaticien, il faut être un petit peu paresseux.  Il faut avoir en horreur les tâches manuelles et préférer que l’ordinateur fasse le travail.  Il faut savoir investir un peu de temps maintenant pour en profiter plus tard. Être paresseux nous rend parfois plus efficace et plus productif!

Par exemple, si vous êtes fatigués de charger les mêmes modules manuellement à chaque fois que vous ouvrez une session R (ou fatigués de copier/coller les mêmes lignes de code en haut de chacun de vos scripts), il existe un moyen de charger vos modules préférés au démarrage de R.

Le truc est de créer ou de modifier le fichier .Rprofile. Ce fichier, qui doit se trouver dans votre répertoire home, contient une fonction .First qui est exécutée quand R démarre.  Il suffit de charger les modules que vous utilisés souvent dans le corps de cette fonction.  La fonction .Last est, quant à elle, exécutée lorsque R quitte. Le fichier .Rprofile peut ne contenir que ces deux fonctions. On peut toutefois en profiter pour y personnaliser certaines options.  

Voici de quoi a l’air mon propre fichier .Rprofile :

 

.First <- function() {
library(ggplot2)
cat("\nWelcome at", date(), "\n")
}
 
.Last <- function(){
cat("\nGoodbye at ", date(), "\n")
}

Pour s'assurer que les packages ont bien été chargés, on peut utiliser la commande sessionInfo().  Si tout s'est bien passé, vos modules préférés seront listés dans la sortie. Comme toujours en R, je vous invite a faire la commande ?Rprofile pour en savoir plus.  Alors, soyez paresseux et investissez un peu de temps pour mettre à jour votre .Rprofile.

Mise-à-jour: Si vous rencontrez un message d’erreur en essayant d’installer un module avec dev_tools, ça pourrait venir de la ligne cat().

By | 2016-11-08T09:30:19+00:00 14 mars 2014|Categories: R|0 Commentaires

About the Author:

Mon parcours a débuté en biochimie, mais c ’est en bioinformatique que je m ’amuse depuis plusieurs années : que ce soit en analysant et visualisant des données en R, en construisant des outils web interactifs en javascript ou en explorant des algorithmes d ’apprentissage automatique en python.

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