IRIC's Bioinformatics Platform

R pour les débutants: fonctions qui nous rendent plus la vie facile

Explorons mon top 10 des fonctions et trucs intéressants qui nous facilitent la vie lors de la manipulation de données dans R. Séquences Vous voulez créer de longues séquences de nombres ou de lettres sans les écrire au long manuellement? R vous permet de le faire avec l'opérateur ":". Vous pouvez aussi utiliser seq() si vous cherchez à créer une séquence qui n'est pas incrémentée de 1. Finalement, letters[] vous permet de créer des séquences continues de lettres en ordre alphabétique [...]

By Assya|2017-04-29T17:07:00+00:0028 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: débutant|0 Commentaires

Création de données génomiques synthétiques

L'application de méthodes statistiques forme une grande partie de la bio-informatique. En plus de méthodes classiques, certaines techniques d'apprentissage machine (notamment, des techniques de clustering telles k-means) sont aussi régulièrement appliquées sur des données cliniques et biologiques. Quelques-unes de ces techniques telles les réseaux de neurones ont récemment connu un grand succès en reconnaissance d'images et traitement du langage naturel. Malheureusement, ces techniques performent mal sur de petits jeux de données ayant un grand nombre de dimensions, un type de jeux de données fréquemment rencontré à la plateforme. L'introduction [...]

By Jonathan|2017-04-29T23:02:12+00:007 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: analyse de données, génomique|0 Commentaires

Facteurs à considérer pour l’interprétation de vos données de protéomique

** Collaboration spéciale de la part de la plateforme de protéomique ** Suite à l'analyse de votre échantillon par spectrométrie de masse, vous recevez généralement vos résultats sous forme d’une liste de protéines. Lors du traitement des données, certains facteurs influencent quelles protéines se retrouveront dans la liste finale. Fig. 1 Approche ascendante. Figure modifiée provenant de Angel et al. (2011) Commençons d’abord par expliquer brièvement comment cette liste de protéines est obtenue. L’approche de protéomique ascendante [...]

By Mathieu|2017-04-29T17:08:27+00:007 décembre 2015|Categories: Analyse de données|Tags: proteomic|0 Commentaires

Arguments de « grep » que tout bioinformaticien devrait connaitre

Le shell, ainsi que la myriade d'outils en ligne de commande qu'il nous offre est un grand ami lorsque vient le temps de manipuler des fichiers de données. Et soyons francs, manipuler des fichiers, c'est une bonne partie du travail d'un bioinformaticien. Cependant, puisque nous avons rarement le temps de survoler l'ensemble des arguments offerts par les différents programmes d'Unix, je me suis dit que je vous présenterais mes préférés de l'utilitaire grep. Je prends pour acquis que tout le [...]

By Jean-Philippe|2017-04-29T17:09:17+00:0027 novembre 2015|Categories: Analyse de données, Scripts|Tags: bash, unix|0 Commentaires

Effectuer une PCA sur les données de Leucégène

GEO est une source extrêmement riche de données de profils transcriptionnels, mais télécharger et préparer ces données constituent bien souvent un obstacle pour les apprentis bioinformaticiens. La démonstration qui suit devrait faciliter vos premiers pas, j'utiliserai le jeu de données de Leucégène. Une fois ces données chargées et prêtes à être utilisées dans R, je présenterai une perspective simplifiée mais pratique de l'utilisation de la PCA (Principal Component Analysis) pour faire de l'analyse exploratoire d'un ensemble de profiles transcriptionnels. Chargement des données [...]

By Sébastien|2017-04-29T23:05:37+00:0016 novembre 2015|Categories: Analyse de données, R|Tags: expression de gènes, PCA|0 Commentaires