IRIC's Bioinformatics Platform

Les graphes de Kaplan-Meier

Lorsqu'on travaille avec des données liées au cancer, un de nos objectifs est parfois de trouver des caractéristiques (mutation, information clinique, expression génique, ...) associées au prognostic, i.e. des caractéristiques reliées à l'évolution probable de la maladie. Si c'est aussi l'un de vos objectifs, vous aurez à faire une analyse de survie. Les analyses de survie sont constituées d'un ensemble de méthodes qui essaient de modéliser à quel moment un événement d'intérêt apparaîtra (temps d'apparition), cet événement étant souvent le [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:14+00:0019 février 2015|Categories: Bioinformatique, Statistiques|Tags: Analyse de survie|0 Commentaires

Lecture de tableaux: charger des données dans R sans soucis

La première chose que j'ai appris à faire dans R est de charger un tableau de données. D'habitude, l'aventure R commence avec l'aide d'une personne plus expérimentée qui vous montre comment charger vos données dans le logiciel. Typiquement, la commande requise s'apparente à : data<-read.table("~/dossier/datafile.txt") Vous allez sûrement ajouter plusieurs autres paramètres aux parenthèses, tels que "row.names=0" ou "header=TRUE" ou, "sep="\t"", pour s'assurer que le fichier est lu correctement. Cette manière de fonctionner est parfaitement correcte pour de petits jeux de [...]

By Assya|2017-04-29T17:15:34+00:005 février 2015|Categories: Bioinformatique, R|Tags: débutant|2 Comments

Stockage de données côté client

La publication d'un outil via une application web le rend à la fois accessible et facile à maintenir. Il est donc naturel que plusieurs outils bioinformatiques soient dotés d'une interface web. Cependant, certaines considérations légales et de sécurité informatique doivent être prises en compte si l'on compte traiter certains types d'information (p.ex. médicales ou propriétaires). Dans de tels cas, il est préférable de stocker ces informations localement dans le navigateur de l'utilisateur. Il existe une multitude de technologies de stockage local, ce qui peut rendre [...]

By Jonathan|2016-11-08T09:30:15+00:0028 janvier 2015|Categories: Non classifié(e)|0 Commentaires

Une tâche, trois façons

Il y a habituellement plus d'une façon d'accomplir une tâche donnée. Certaines sont meilleures que d'autres, plusieurs sont équivalentes. Décider laquelle utiliser dépend bien souvent du temps de calcul, de la facilité d'utilisation et/ou de nos préférences et compétences personnelles. Supposons que j'aie une matrice contenant des milliers de positions pour un chromosome donné avec les colonnes suivantes : Nom_de_l'élément, Début, Fin. Toutes les positions se rapportent à un même chromosome et la taille des éléments est variable. Pour une [...]

By Geneviève|2017-05-01T10:17:05+00:0015 janvier 2015|Categories: Bioinformatique, R|0 Commentaires

Trafiquer le test exact de Fisher pour les besoins du biologiste

Le test exact de Fisher est largement utilisé en bioinformatique. Il est d'ailleurs à la base d'un grand nombre d'outils recherchant des enrichissements pour des ensembles de gènes ou des voies biologiques. Je n'introduirai pas le test en tant que tel dans cet article car plusieurs l'ont déjà fait (commencez ici!). Je vais plutôt me concentrer sur l'incompatibilité qui existe parfois entre ce que calcule le test et ce qui est requis par les biologistes. Dans le test exact de [...]

By Sébastien|2014-12-08T15:49:54+00:008 décembre 2014|Categories: Bioinformatique, Biologie, Statistiques|Tags: Statistiques|0 Commentaires