Bioinformatique – Page 3 – IRIC's Bioinformatics Platform

Le(s) langage(s) en bio-informatique

La question que l'on me pose le plus souvent concernant la bio-informatique est malheureusement celle qui conduit aux discussions les moins productives auxquelles j'ai participé : Quel langage de programmation devrais-je utiliser en bio-informatique ? Comprenez-moi bien, dans un pub autour d'une bière, cette discussion entre membres de l'intelligentsia nerd est des plus divertissantes... mais l'illumination survit rarement jusqu'au lendemain. Ceci dit, j'aimerais partager ici la réponse que j'ai affinée au fil des ans. Elle est basée sur le développement de [...]

By Sébastien|2017-04-29T16:59:12+00:0018 avril 2016|Categories: Bioinformatique|Tags: débutant|0 Commentaires

R pour les débutants: fonctions qui nous rendent plus la vie facile

Explorons mon top 10 des fonctions et trucs intéressants qui nous facilitent la vie lors de la manipulation de données dans R. Séquences Vous voulez créer de longues séquences de nombres ou de lettres sans les écrire au long manuellement? R vous permet de le faire avec l'opérateur ":". Vous pouvez aussi utiliser seq() si vous cherchez à créer une séquence qui n'est pas incrémentée de 1. Finalement, letters[] vous permet de créer des séquences continues de lettres en ordre alphabétique [...]

By Assya|2017-04-29T17:07:00+00:0028 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, R|Tags: débutant|0 Commentaires

Création de données génomiques synthétiques

L'application de méthodes statistiques forme une grande partie de la bio-informatique. En plus de méthodes classiques, certaines techniques d'apprentissage machine (notamment, des techniques de clustering telles k-means) sont aussi régulièrement appliquées sur des données cliniques et biologiques. Quelques-unes de ces techniques telles les réseaux de neurones ont récemment connu un grand succès en reconnaissance d'images et traitement du langage naturel. Malheureusement, ces techniques performent mal sur de petits jeux de données ayant un grand nombre de dimensions, un type de jeux de données fréquemment rencontré à la plateforme. L'introduction [...]

By Jonathan|2017-04-29T23:02:12+00:007 janvier 2016|Categories: Bioinformatique, Python|Tags: analyse de données, génomique|0 Commentaires

Identifier un point avec ggplot2

Comme nous tous, vous vous êtes laissé séduire par ggplot2. L'élégance des graphes, la facilité de grouper les données... Vous avez décidé de convertir tous vos graphes en graphes ggplot2 pour ensuite vous rendre compte, après tout vos efforts, que vous étiez incapable d'identifier un point d'intérêt facilement. En effet, la fonction identify (qui permet de cliquer sur un point d'un graphique pour récupérer ses coordonnées) ne fonctionne plus! Comment étiquetter facilement le point outlier alors? Heureusement, il y a [...]

By Patrick|2017-05-01T10:10:51+00:005 mars 2015|Categories: Bioinformatique, R, Visualisation de données|Tags: ggplot2|0 Commentaires

Les graphes de Kaplan-Meier

Lorsqu'on travaille avec des données liées au cancer, un de nos objectifs est parfois de trouver des caractéristiques (mutation, information clinique, expression génique, ...) associées au prognostic, i.e. des caractéristiques reliées à l'évolution probable de la maladie. Si c'est aussi l'un de vos objectifs, vous aurez à faire une analyse de survie. Les analyses de survie sont constituées d'un ensemble de méthodes qui essaient de modéliser à quel moment un événement d'intérêt apparaîtra (temps d'apparition), cet événement étant souvent le [...]

By Geneviève|2016-11-08T09:30:14+00:0019 février 2015|Categories: Bioinformatique, Statistiques|Tags: Analyse de survie|0 Commentaires